Отдел химии нуклеиновых кислот
Руководитель: Готтих Марина Борисовна
Отдел организован в 1966 г.; его первым руководителем была лауреат Ленинской и Государственной премий профессор З.А. Шабарова (1966 – 1999 гг.). С 1999 года по 2018 год отдел возглавляла профессор Т.С. Орецкая, а с 2019 года руководителем отдела является профессор М.Б. Готтих.
Основные направления исследований
1. Синтез модифицированных олигонуклеотидов (Т.С. Орецкая, Е.А. Романова). Разработка стратегии и создание синтетической базы для получения новых типов модифицированных фрагментов ДНК и РНК, в том числе содержащих химически активные группы в любой заданной позиции углеводофосфатного остова. Использование сконструированных НК-реагентов, способных самопроизвольно реагировать со сближенными в специфическом белково-нуклеиновом комплексе нуклеофильными аминокислотами, для определения структурных основ специфичности и механизма действия регуляторных белков и ферментов, а также ингибирования (модуляции) генной экспрессии на различных ее этапах.
2. Исследование механизма действия одного из основных ферментов вируса иммунодефицита человека (ВИЧ-1) – интегразы (группа М.Б. Готтих). В частности, анализ взаимодействия интегразы ВИЧ-1 с вирусной и клеточной ДНК, характеристика структурных особенностей вирусной ДНК, отвечающих за специфичность ее связывания с этим ферментом, изучение кинетики реакций, катализируемых интегразой. Характеристика ферментативной активности и устойчивости к ингибиторам вариантов ИН ВИЧ-1, наиболее распространённых в Российской Федерации. Разработка новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1 на основе соединений различной природы и изучение механизма их действия.
3. Изучение роли клеточных белков в репликации ВИЧ-1 (группа М.Б. Готтих). Это направление работы крайне актуально как для детального понимания развития этого опасного вируса, так и для разработки новых подходов к борьбе с ним. Основное внимание сосредоточено на изучении участия двух белков – Ku70 и SFPQ - в ранних стадиях репликативного цикла ВИЧ-1: обратной транскрипции, интеграции, пост-интеграционной репарации и транскрипции. Разработаны репортерные системы, позволяющие оценивать влияние указанных белков на одну конкретную стадию репликативного цикла ВИЧ-1. Анализируется взаимодействие белков Ku70 и SFPQ с вирусными ферментами: интегразой и обратной транскриптазой.
4. Характеристика взаимодействия белка Ku с нуклеиновыми кислотами (группа М.Б. Готтих). Белок Ku содержит две субъединицы, Ku70 и Ku80, и является важным участником системы репарации двуцепочечных разрывов в ДНК, где он связывается с концами ДНК. Помимо репарации он участвует и в других клеточных процессах, где также может связывать нуклеиновые кислоты. С целью характеристики влияния Ku на транскрипцию изучается взаимодействие Ku с внутренними областями ДНК и с различными структурами РНК. Разрабатываются также подходы к созданию ингибиторов связывания Ku с ДНК, что представляет интерес для терапии онкологических заболеваний.
5. Изучение системы репарации неканонических пар нуклеотидов. Молекулярная структура и функции белков MutS и MutL и их комплексов с ДНК (группа Е.А. Кубаревой). Исследуется молекулярный механизм действия системы репарации неканонических пар нуклеотидов - «мисматчей» (MMR). В частности, изучаются свойства отдельных белков, участвующих в процессе репарации, и их взаимодействие друг с другом и с ДНК. Синтезированы уникальные ДНК-реагенты, которые позволяют фиксировать непрочные динамически подвижные белково-нуклеиновые комплексы и анализировать их структуру и функциональную активность.
6. Исследование новых механизмов регуляции экспрессии генов в бактериальных клетках (группа Е.А. Кубаревой). Изучаются новые механизмы регуляции экспрессии генов в бактериальных клетках. Большое внимание уделяется исследованию роли нового типа регуляторов – малых нетранслируемых РНК. К ним относятся 6S РНК, способные контролировать процесс инициации транскрипции путем прямого связывания с РНК-полимеразой, 12-16-звенные олигонуклеотиды, синтезируемые РНК-полимеразой на 6S РНК в качестве матрицы, а также Rre РНК, которые взаимодействуют с 30S субъединицей рибосомы и потенциально могут являться ингибиторами трансляции.
7. Разработка подходов к модулированию активности ферментов, гидролизующих и метилирующих ДНК, на основе анализа механизмов их взаимодействия с субстратами (группа Е.А. Кубаревой). Накапливается новая информация о функционировании бифункциональных C5-цитозиновых ДНК-метилтрансфераз, являющихся одновременно ферментами, метилирующими ДНК, и факторами транскрипции, гетеродимерных эндонуклеаз рестрикции и никующих эндонуклеаз, которые вносят разрыв только в одну из цепей ДНК. Разрабатываются способы обратимого терморегулирования активности белков, гидролизующих ДНК, с целью создания эффективных и безопасных молекулярных инструментов в «хирургии» генома.
8. РНК-полимераза и механизмы транскрипции в прокариотах (группа В.Л. Друцы). Исследуются механизмы регуляции бактериальной транскрипции в сложных многопромоторных системах. Проводится анализ топологии супрамолекулярных комплексов, формируемых бактериальной РНК-полимеразой в ходе регуляции транскрипции генов. С использованием вновь сконструированных мутантных вариантов ключевого фактора транскрипции – сигма-70 субъединицы РНК-полимеразы E.coli – изучается механизм инициации транскрипции – одного из ключевых процессов в жизнедеятельности клетки.
9. Механизмы агрегации белков и образования амилоидных фибрилл (группа В.Л. Друцы). С помощью методов генетической инженерии получен ряд рекомбинантных белков - удобных моделей, позволяющих изучать различные аспекты амилоидообразования. С использованием современных методов исследования (спектроскопия ДРС, атомно-силовая микроскопия и др.) изучается влияние структурных и внешних факторов на кинетику агрегации и морфологию образующихся белковых агрегатов.
Основные научные результаты
1) Осуществлен дизайн и синтез олигонуклеотидов с химически активными группами для получения модифицированных фрагментов НК и аффинной модификации белков
Для получения фрагментов нуклеиновых кислот с заданными свойствами была разработана стратегия гибкого варьирования типа и позиции модификации в углеводо-фосфатном остове ДНК и получены олигонуклеотиды с химически активными группами, а также многофункциональные производные олигонуклеотидов. Предложена универсальная схема введения модифицированных звеньев в олигонуклеотиды сочетанием методов автоматического химического синтеза и постсинтетической модификации. В заданное положение ДНК-фрагмента были включены моно(ди)фосфорилдисульфидные мостики, 2'-иодацетамидные, 2'-дисульфидные, 2'-альдегидные группы в рибо- и арабиноконфигурации, способные специфически реагировать с остатками цистеина и лизина в белке. Получен ДНК-реагент для аффинной модификации остатков аргинина в белках на основе производного бета-дикетогруппы при С2'-атоме рибозы. Химическая активность модифицированых олигонуклеотидов продемонстрирована в реакциях с широким кругом белков и ферментов. Синтезирован набор производных олигонуклеотидов с различными гидразидами, гидразинами и карбазатами, в том числе соединения с репортерными группами (биотин), маркерами (акридин, пирен), сшивающими реагентами (дигидразид терефталевой кислоты), липофильными группами и пептидными молекулами.
Zatsepin T.S. et al. Bioconjugate Chemistry, 13 (4) 822-830, 2002;
Zatsepin T.S. et al. Tetrahedron Letters, 47 5515-5518, 2006;
Zatsepin T.S. et al. Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 26 (6) 795-798, 2007;
Dolinnaya N.G. et al. Current Organic Chemistry, 13 (11) 1029-1049, 2009;
Khomyakova E.A. et al. Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 30 (7) 577-584, 2011.
2) Исследован механизм ретровирусной интеграции и структура комплекса интегразы ВИЧ-1 с ДНК
На основании детального кинетического исследования ферментативных реакций впервые показано, что интеграза ВИЧ-1 является практически однооборотным ферментом. Изучена стехиометрия белково-нуклеинового связывания и с помощью набора модифицированных аналогов вирусной ДНК установлено, какие участки ДНК непосредственно взаимодействуют с определенными остатками лизина в белке. В сотрудничестве с лабораториями биотехнологии и прикладной генетической фармакологии НЦНИ в г. Кашане и институтом генетики и молекулярной биологии в г. Страсбурге во Франции предложена принципиально новая модель взаимодействия интегразы с вирусной ДНК. С использованием методов “кросслинкинга” белка и ДНК и криоэлектронной микроскопии исследована структура комплекса интегразы с ДНК и ее клеточным кофактором – белком LEDGF/p75. Впервые выделены и охарактеризованы рекомбинантные интегразы ВИЧ-1 субтипа А и нового генетического варианта CRF63_02A1, широко распространенных на территории России.
Smolov M. et al. FEBS J., 273 (6) 1137-1151, 2006;
Agapkina J. et al. J. Biol. Chem., 281 (17) 11530-11540, 2006;
Michel F. et al. EMBO J., 28 (7) 980-991, 2009;
Shadrina O. et al. Biochimie, 102, 92-101, 2014;
Агапкина Ю.Ю. et al. Acta Naturae, 11(1), 14-22, 2019.
3) Разработаны подходы к созданию ингибиторов интегразы ВИЧ-1
Информация, полученная при изучении структуры интегразы ВИЧ-1, использована для разработки новых ингибиторов интеграции на основе соединений различной природы, в том числе на основе коротких модифицированных олигонуклеотидов. Показано, что они являются аллостерическими ингибиторами интегразы: взаимодействуют с комплексом интегразы с вирусной ДНК и вызывают его быструю и эффективную диссоциацию. С использованием суперкомпьютеров Ломоносов и Ломоносов-2 проведено моделирование связывания наиболее эффективного олигонуклеотидного ингибитора с ИН. Показано, что некоторые олигонуклеотидные ингибиторы интегразы ВИЧ-1 способны подавлять обратную транскрипцию в инфицированных клетках. Обнаружено также несколько новых классов низкомолекулярных органических соединений, обладающих антиинтегразной активностью.
Grigorov B. et al. Nucleic Acids Research, 39 (13) 5586-5596, 2011;
Korolev S. et al. Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 30 (12) 651-666, 2011;
Agapkina J. et al. ACS Med. Chem. Lett., 2 532–537, 2011;
Anisenko A.N. et al. Scientific reports, 7 5649б 2017.
4) Установление механизма репарации повреждений генома человека в результате интеграции в него ДНК ВИЧ-1.
Впервые показано, что в пост-интеграционной репарации клеточной ДНК участвует ДНК-зависимая протеин-киназа (ДНК-ПК), которая является основным участником системы репарации двуцепочечных разрывов в ДНК по пути негомологичного соединения концов. ДНК-ПК состоит из белка Ku, который является сенсором свободного конца ДНК, и каталитической субъединицы (DNA-PKcs). Установлено, что белок Ku способен связываться с интегразой ВИЧ-1, и выявлены аминокислоты в составе интегразы, необходимые для связывания с Ku. С использованием псевдовируса, содержащего мутантную интегразу, неспособную связывать Ku, показано, что пост-интеграционная репарация начинается с привлечения белка Ku к месту интеграции именно за счет его связывания с вирусной интегразой. Далее Ku привлекает каталитическую субъединицу DNA-PKcs и сформированная ДНК-ПК фосфорилирует белки, непосредственно осуществляющие процесс репарации. Таким образом, комплекс интегразы и Ku может рассматриваться как новая потенциальная мишень для разработки анти-ВИЧ препаратов.
Княжанская Е.С. и др. Мол. биол., 50 (4) 639-654, 2016;
Anisenko A.N. et al. Scientific reports, 7 5649б 2017;
Anisenko A.N. et al. J. Virol. Methods, 262 12-19, 2018.
5) Характеристика системы репарации неканонических пар нуклеотидов и молекулярной структуры и функций белков MutS и MutL и их комплексов с ДНК
Разработаны уникальные подходы к исследованию молекулярного механизма действия системы репарации неканонических пар нуклеотидов - «мисматчей» (MMR), обеспечивающей исправление «ошибок» в ДНК.
Впервые предложены ДНК-реагенты с бета-дикетогруппой в углеводном фрагменте, способной взаимодействовать с остатками аргинина, и акриламидной группировкой, нацеленной на остатки цистеина. Показана возможность использования таких соединений в реакциях «кросслинкинга» с белками MutS и MutL из системы MMR. Установлено, что аминокислотные остатки в позициях 218, 251 и 282 белка MutL из E. coli входят в состав его ДНК-связывающего центра. Продемонстрирована сближенность остатков Cys каталитического центра белка MutL из Neisseria gonorrhoeae с ДНК-лигандом. Доказано, что ковалентно зафиксированный на ДНК белок MutS сохраняет свою активность и способен взаимодействовать с белком MutL, а значит перемещение комплекса MutS-MutL по ДНК не является обязательным условием для активации системы репарации «мисматчей». Изучены конформационные перестройки в ДНК на различных этапах её взаимодействия с MutS. Сконструированы ДНК-системы, содержащие дисульфидную группировку (для фиксации динамичных комплексов MutS) и флуоресцентную пару (в качестве репортёрной конструкции). Показано, что при образовании «окончательного» узнающего комплекса с MutS происходит изменение конформации дуплекса, характеризующееся отсутствием изгиба двойной спирали. Обнаружено изменение положения ДНК в комплексе с гомодимером MutS при замене АДФ на АТФ в АТФазном центре этого белка. Разработанная стратегия может быть использована для реконструкции основных этапов функционирования систем репарации в клетке на молекулярном уровне.
Впервые проведено детальное биохимическое исследование влияния остатка тимидингликоля (Tg) – продукта окисления тимидина – в ДНК на функционирование системы MMR. Показано, что появление Tg в составе кольцевых ДНК не активирует белки системы репарации «мисматчей». Это обусловлено отсутствием эффективного связывания сенсорного белка MutS с фрагментами ДНК, содержащими пары G/Tg и A/Tg, и невозможностью формирования изгиба ДНК, характерного для «начального» узнающего комплекса.
Впервые выделены белки MutL, MutS и β-субъединица ДНК-полимеразы III (β-«зажим») – компоненты системы репарации некомплементарных пар нуклеотидов из Rhodobacter sphaeroides, и продемонстрирована их активность. Показано, что степень расщепления ДНК MutL из Rhodobacter sphaeroides в присутствии ионов двухвалентных металлов уменьшается в ряду Mn2+ > Co2+ > Mg2+ > Cd2+ >> Ni2+ ≈ Ca2+ ≈ Zn2+. Скорость гидролиза АТФ этим белком на порядок выше по сравнению с другими бактериальными аналогами.
Heinze R.J. et al. Mol. Biosyst., 8 1861–1864, 2012;
Dolinnaya N.G. et al. Biochimie, 95 (2) 134-147, 2013;
Perevozchikova S.A. et al. PLoS ONE, 9 (8) e104963, 2014;
Kubareva E.A. et al. Natural science, 7 (11) 491-509, 2015;
Monakhova M. et al. J. Chromatogr. A, 1389 19-27, 2015;
Монахова М.В. и др. Биохимия, 83 (3) 404-418, 2018;
Монахова М.В. и др. Биоорган. химия, 45 (3) 303-314, 2019.
6) Исследованы новые механизмы регуляции экспрессии генов в бактериальных клетках
Изучена роль нового типа регуляторов транскрипции прокариот – малых нетранслируемых 6S РНК. Показано, что две 6S РНК (6S-1 и 6S-2) грамположительной бактерии Bacillus subtilis, и 6S РНК азотфиксирующей гетеротрофной альфа-протеобактерии Rhodobacter sphaeroides имеют сходные структуры и свойства с 6S РНК E. coli: ингибируют транскрипцию за счет непосредственного связывания с холоферментом РНК-полимеразы (РНКП) и блокирования её активного центра. Продемонстрировано, что 6S-1 и 6S-2 B. subtilis, активные в различных фазах клеточного роста, влияют на уровень экспрессии многих белков, в частности вовлеченных в процессы стрессового ответа. Таким образом, опровергнута гипотеза, согласно которой 6S-2 РНК считалась нефункциональным аналогом 6S-1 РНК.
Впервые экспериментально доказано, что 6S РНК действительно необходимы для выживания клеток в стрессовых условиях.
Уникальной особенностью 6S РНК является возможность синтеза на её матрице коротких транскриптов – пРНК (от англ. «product RNA»). Образующийся комплекс 6S РНК:пРНК теряет сродство к РНКП, и «свободный» фермент вновь способен вести транскрипцию. Впервые in vitro продемонстрирован синтез РНК-полимеразой коротких транскриптов на матрице 6S-1 и 6S-2 РНК из B. subtilis и определены нуклеотидные последовательности образующихся 14-16-звенных пРНК. В случае 6S 2 РНК зафиксированы и более протяженные транскрипты длиной до 26 нуклеотидных остатков. Обнаружено, что эффективность их синтеза прямо пропорциональна концентрации АТФ. Активный синтез пРНК-транскриптов различной длины в бактерии R. sphaeroides обнаружен in vivo.
В сотрудничестве с группой проф. Р. Хартманна (Университет имени Филиппа, г. Марбург, Германия) разработаны и оптимизированы протоколы выделения экстремально малых РНК (< 20 нуклеотидных остатков) и их детекции в клеточных РНК-экстрактах методом Нозерн-блотинга с помощью модифицированных ДНК-зондов, содержащих остатки ковалентно-замкнутых нуклеозидов.
В бактериях семейства Rhizobiales – B. japonicum и S. meliloti, азотфиксирующих симбионтов различных бобовых растений, обнаружена новая малая РНК - Rre. Установлено, что RreB РНК из бактерии B. japonicum имеет участок комплементарности к 16S рРНК, который перекрывается с последовательностью анти-Шайна-Дальгарно. Эта особенность позволяет RreB РНК связываться с 30S субъединицей рибосомы и ингибировать трансляцию. Кроме того, RreB РНК содержит короткую открытую рамку считывания, кодирующую 14-звенный пептид. Методами биоинформатического анализа предсказано наличие в бактерии S. meliloti сразу четырех потенциальных ортологов RreB РНК B. japonicum, названных RreS1–RreS4 РНК. Экспрессия RreS1–RreS4 РНК в клетках экспериментально подтверждена с помощью количественной ПЦР с обратной транскрипцией и Нозерн-блоттинга.
Burenina O.Y. et al. RNA, 20 (3) 348–359, 2014.
Damm K. et al. Methods in Molecular Biology, 1296 29–38, 2015;
Damm K. et al. Methods in Molecular Biology, 1296 41-51, 2015;
Буренина О.Ю. и др. Биохимия, 80 (11) 1641–1661, 2015;
Hoch P.G. et al. Biochimie, 117 87–99, 2015;
Буренина О.Ю. и др. Acta Naturae, 9 (4) 13–26, 2017;
Hahn J. et al. RNA Biology, 14 (10) 1353-1363, 2017;
Elkina D.A. et al. RNA Biology, 14 (11) 1627–1637, 2017;
7) Разработка подходов к модулированию активности ферментов, гидролизующих и метилирующих ДНК, на основе анализа механизмов их взаимодействия с субстратами
Установлен кинетический механизм образования и структурно–функциональные особенности комплексов ДНК с бифункциональным ферментом С5-цитозиновой ДНК-метилтрансферазой SsoII, которая не только метилирует остаток цитозина, но и связывается с промоторной областью системы рестрикции-модификации SsoII, подавляя транскрипцию собственного гена и стимулируя транскрипцию гена эндонуклеазы рестрикции.
Получена новая информация о функционировании гетеродимерных эндонуклеаз рестрикции (ЭР) на примере ЭР BspD6I. Большая субъединица этого фермента является никующей эндонуклеазой (НЭ BspD6I), то есть способна гидролизовать одну цепь ДНК в изолированном виде. Катализ гидролиза двух цепей ДНК ЭР BspD6I происходит, когда обе ее субъединицы находятся в составе одного фермент-субстратного комплекса, вместе с тем малая субъединица может расщеплять ДНК уже после того, как большая субъединица «разрезала» свою цепь.
Разработаны способы обратимого терморегулирования активности белков, гидролизующих ДНК (эндонуклеазы рестрикции, никующие эндонуклеазы), с целью создания эффективных и безопасных молекулярных инструментов в «хирургии» генома. В качестве ингибиторов активности НЭ BspD6I при 25°С предложено использовать ДНК-лиганды с модифицированным межнуклеотидным узлом в месте гидролиза и одноцепочечными разрывами. Повышение температуры реакционной смеси до 45°С приводит к диссоциации дуплексов-ингибиторов, высвобождению фермента и восстановлению его активности. Впервые показано, что самокомплементарные олигодезоксирибонуклеотиды, селективно присоединенные к димеру мутантной формы ЭР SsoII в непосредственной близости от его ДНК-связывающего центра, блокируют гидролиз субстрата при 25°С. Продемонстрировано существенное увеличение эффективности гидролиза субстрата ДНК-белковым конъюгатом при повышении температуры. «Включение» и «выключение» активности конъюгата ЭР SsoII с олигодезоксирибонуклеотидом в интервале от 25 до 45°С обратимо и может происходить в течение двух циклов нагревания-охлаждения.
Abrosimova L.A. et al. IUBMB Life, 65 1012–1016, 2013;
Konarev P.V. et al. PLoS ONE, 9 (4) e93453, 2014;
Abrosimova L.A. et al. Biochim. Biophys. Acta - Proteins and Proteomics, 1864 1072-1082, 2016;
Abrosimova L.A. et al. PLoS ONE, 13 e0207302, 2018;
Перевязова Т.А. и др. Биоорган. химия, 44 (6) 648-654, 2018;
Timofeyeva N.A. et al. Molecules, 23 1192, 2018;
Абросимова Л.А. и др. Биоорган. химия, 45 (5) 451-471, 2019.
8) Исследованы структура и функции РНК-полимеразы E. coli
Впервые предложен механизм транскрипционной интерференции в случае конвергентного расположения промоторов (модель «узкого кармана»), позволяющий объяснить многие явления, наблюдающиеся в природных системах, в частности, полное ингибирование одного из конвергентных промоторов. Получен и всесторонне исследован в системах in vitro набор новых мутантных вариантов сигма-субъединицы РНК-полимеразы E. coli с точечными заменами и делециями в N-концевой области белка. В искусственной многопромоторной системе показана возможность направленной регуляции активности промоторов с использованием мутантных сигма-субъединиц. Продемонстрировано специфическое влияние ряда свободных аминокислот и коротких пептидов на различные стадии процесса транскрипции in vitro.
Koroleva O.N. et al. Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 30 (7-8) 667-79, 2011; Koroleva O.N. et al. Biochim. Biophys. Acta. (General Subjects), 1860(10) 2086-2096, 2016.
9) Впервые обнаружено, что сигма-70-субъединица РНКП, а также белок NEP вируса гриппа способны к образованию амилоидоподобных агрегатов
Эти работы ведутся совместно с сотрудниками кафедры физики полимеров и кристаллов Физического факультета МГУ (Дубровин Е.В., Кузьмина Н.В., Толстова А.П. и др.). Проведенные исследования позволили предложить оригинальный иерархический механизм формирования амилоидных структур, включающий образование псевдоцикла (первичного ядра), служащего жесткой матрицей для дальнейшего спиралевидного роста фибриллы. Предложенный механизм может рассматриваться как универсальный, поскольку объясняет подавляющее большинство наблюдаемых в литературе эффектов при образовании амилоидов, в том числе полиморфизм агрегатов.
Koroleva O.N. et al. J. Biosci., 36(1) 43–54, 2011;
Dubrovin E.V. et al. Nanomedicine: Nanotechn., Biology and Medicine, 8 (1) 54-62, 2012; Koroleva O.N. et al. Soft Matter, 12(7) 1974-1982, 2016;
Golovko A.O. et al. Biochemistry (Moscow), 83(11) 1411-1421, 2018;
Dubrovin E.V. et al. Microscopy and Microanalysis, 25 1342-1343, 2019.
Участие в научно-исследовательских проектах и грантовая поддержка
Научные исследования отдела на протяжении последних лет были поддержаны:
- грантами Президента РФ для государственной поддержки ведущих научных школ;
- грантами РФФИ;
- совместными грантами РФФИ и Немецкого научно-исследовательского общества "Международные исследовательские группы с участием молодых ученых" (партнеры со стороны Германии - Немецкое научно-исследовательское общество, Университет Юстаса Либиха, г. Гиссен, Университет Филиппа, г. Марбург);
- совместными грантами РФФИ-НЦНИЛ (Международная ассоциированная лаборатория. Партнеры со стороны Франции - Национальный центр научных исследований, Высшая нормальная школа г. Кашана, Университет г. Монпелье);
- совместным грантом РФФИ и Департамента науки и технологии правительства Индии (партнер со стороны Индии - Индийский институт науки, департамент биохимии, г. Бангалор);
- контрактами с Комиссией Европейских сообществ;
- грантами РНФ – “Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований коллективами существующих научных лабораторий (кафедр)”;
- грантами РНФ – “Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами”;
- грантами РНФ – “Проведение исследований научными группами под руководством молодых ученых”.
Педагогическая деятельность
Сотрудники отдела химии нуклеиновых кислот (совместно с сотрудниками лаборатории химии нуклеиновых кислот кафедры химии природных соединений химического факультета МГУ) осуществляют руководство диссертационными, дипломными и курсовыми работами аспирантов и студентов химического факультета и факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ, а также участвуют в проведении семинаров и практикумов для студентов этих факультетов.
С 2017 г. отдел участвует в японско-российской Программе по подготовке ведущих ученых и инженеров в области здравоохранения, медицинской, ядерной и энергетической промышленности. Сотрудничество осуществляется на базе интеграции образования и исследований, реализуемых в Токийском технологическом институте и в двух ведущих Российских университетах: МГУ имени М.В. Ломоносова и Национальном исследовательском ядерном университете «МИФИ».
Курсы лекций:
Проф. Готтих М.Б., проф. Орецкая Т.С. – “Биоорганическая химия”, 3 курс, химический факультет МГУ.
Проф. Готтих М.Б. - “Химия нуклеиновых кислот”, 4 курс, химический факультет МГУ.
Проф. Орецкая Т.С. – “Введение в специализацию: Химия моно- и дисахаридов”, 4 курс, химический факультет МГУ.
Проф. Готтих М.Б., проф. Орецкая Т.С. - “Геном человека: страхи и надежды”, межфакультетский курс.
Семинарские занятия:
К.х.н. Королев С.П., к.б.н. Анисенко А.Н. – «Основы молекулярной биологии», 2 курс, факультет биоинженерии и биоинформатики.
К.х.н. Королев С.П. – «Актуальные проблемы молекулярной биологии», аспиранты, химический факультет.
Основные направления исследований
1. Синтез модифицированных олигонуклеотидов (Т.С. Орецкая, Е.А. Романова). Разработка стратегии и создание синтетической базы для получения новых типов модифицированных фрагментов ДНК и РНК, в том числе содержащих химически активные группы в любой заданной позиции углеводофосфатного остова. Использование сконструированных НК-реагентов, способных самопроизвольно реагировать со сближенными в специфическом белково-нуклеиновом комплексе нуклеофильными аминокислотами, для определения структурных основ специфичности и механизма действия регуляторных белков и ферментов, а также ингибирования (модуляции) генной экспрессии на различных ее этапах.
2. Исследование механизма действия одного из основных ферментов вируса иммунодефицита человека (ВИЧ-1) – интегразы (группа М.Б. Готтих). В частности, анализ взаимодействия интегразы ВИЧ-1 с вирусной и клеточной ДНК, характеристика структурных особенностей вирусной ДНК, отвечающих за специфичность ее связывания с этим ферментом, изучение кинетики реакций, катализируемых интегразой. Характеристика ферментативной активности и устойчивости к ингибиторам вариантов ИН ВИЧ-1, наиболее распространённых в Российской Федерации. Разработка новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1 на основе соединений различной природы и изучение механизма их действия.
3. Изучение роли клеточных белков в репликации ВИЧ-1 (группа М.Б. Готтих). Это направление работы крайне актуально как для детального понимания развития этого опасного вируса, так и для разработки новых подходов к борьбе с ним. Основное внимание сосредоточено на изучении участия двух белков – Ku70 и SFPQ - в ранних стадиях репликативного цикла ВИЧ-1: обратной транскрипции, интеграции, пост-интеграционной репарации и транскрипции. Разработаны репортерные системы, позволяющие оценивать влияние указанных белков на одну конкретную стадию репликативного цикла ВИЧ-1. Анализируется взаимодействие белков Ku70 и SFPQ с вирусными ферментами: интегразой и обратной транскриптазой.
4. Характеристика взаимодействия белка Ku с нуклеиновыми кислотами (группа М.Б. Готтих). Белок Ku содержит две субъединицы, Ku70 и Ku80, и является важным участником системы репарации двуцепочечных разрывов в ДНК, где он связывается с концами ДНК. Помимо репарации он участвует и в других клеточных процессах, где также может связывать нуклеиновые кислоты. С целью характеристики влияния Ku на транскрипцию изучается взаимодействие Ku с внутренними областями ДНК и с различными структурами РНК. Разрабатываются также подходы к созданию ингибиторов связывания Ku с ДНК, что представляет интерес для терапии онкологических заболеваний.
5. Изучение системы репарации неканонических пар нуклеотидов. Молекулярная структура и функции белков MutS и MutL и их комплексов с ДНК (группа Е.А. Кубаревой). Исследуется молекулярный механизм действия системы репарации неканонических пар нуклеотидов - «мисматчей» (MMR). В частности, изучаются свойства отдельных белков, участвующих в процессе репарации, и их взаимодействие друг с другом и с ДНК. Синтезированы уникальные ДНК-реагенты, которые позволяют фиксировать непрочные динамически подвижные белково-нуклеиновые комплексы и анализировать их структуру и функциональную активность.
6. Исследование новых механизмов регуляции экспрессии генов в бактериальных клетках (группа Е.А. Кубаревой). Изучаются новые механизмы регуляции экспрессии генов в бактериальных клетках. Большое внимание уделяется исследованию роли нового типа регуляторов – малых нетранслируемых РНК. К ним относятся 6S РНК, способные контролировать процесс инициации транскрипции путем прямого связывания с РНК-полимеразой, 12-16-звенные олигонуклеотиды, синтезируемые РНК-полимеразой на 6S РНК в качестве матрицы, а также Rre РНК, которые взаимодействуют с 30S субъединицей рибосомы и потенциально могут являться ингибиторами трансляции.
7. Разработка подходов к модулированию активности ферментов, гидролизующих и метилирующих ДНК, на основе анализа механизмов их взаимодействия с субстратами (группа Е.А. Кубаревой). Накапливается новая информация о функционировании бифункциональных C5-цитозиновых ДНК-метилтрансфераз, являющихся одновременно ферментами, метилирующими ДНК, и факторами транскрипции, гетеродимерных эндонуклеаз рестрикции и никующих эндонуклеаз, которые вносят разрыв только в одну из цепей ДНК. Разрабатываются способы обратимого терморегулирования активности белков, гидролизующих ДНК, с целью создания эффективных и безопасных молекулярных инструментов в «хирургии» генома.
8. РНК-полимераза и механизмы транскрипции в прокариотах (группа В.Л. Друцы). Исследуются механизмы регуляции бактериальной транскрипции в сложных многопромоторных системах. Проводится анализ топологии супрамолекулярных комплексов, формируемых бактериальной РНК-полимеразой в ходе регуляции транскрипции генов. С использованием вновь сконструированных мутантных вариантов ключевого фактора транскрипции – сигма-70 субъединицы РНК-полимеразы E.coli – изучается механизм инициации транскрипции – одного из ключевых процессов в жизнедеятельности клетки.
9. Механизмы агрегации белков и образования амилоидных фибрилл (группа В.Л. Друцы). С помощью методов генетической инженерии получен ряд рекомбинантных белков - удобных моделей, позволяющих изучать различные аспекты амилоидообразования. С использованием современных методов исследования (спектроскопия ДРС, атомно-силовая микроскопия и др.) изучается влияние структурных и внешних факторов на кинетику агрегации и морфологию образующихся белковых агрегатов.
Основные научные результаты
1) Осуществлен дизайн и синтез олигонуклеотидов с химически активными группами для получения модифицированных фрагментов НК и аффинной модификации белков
Для получения фрагментов нуклеиновых кислот с заданными свойствами была разработана стратегия гибкого варьирования типа и позиции модификации в углеводо-фосфатном остове ДНК и получены олигонуклеотиды с химически активными группами, а также многофункциональные производные олигонуклеотидов. Предложена универсальная схема введения модифицированных звеньев в олигонуклеотиды сочетанием методов автоматического химического синтеза и постсинтетической модификации. В заданное положение ДНК-фрагмента были включены моно(ди)фосфорилдисульфидные мостики, 2'-иодацетамидные, 2'-дисульфидные, 2'-альдегидные группы в рибо- и арабиноконфигурации, способные специфически реагировать с остатками цистеина и лизина в белке. Получен ДНК-реагент для аффинной модификации остатков аргинина в белках на основе производного бета-дикетогруппы при С2'-атоме рибозы. Химическая активность модифицированых олигонуклеотидов продемонстрирована в реакциях с широким кругом белков и ферментов. Синтезирован набор производных олигонуклеотидов с различными гидразидами, гидразинами и карбазатами, в том числе соединения с репортерными группами (биотин), маркерами (акридин, пирен), сшивающими реагентами (дигидразид терефталевой кислоты), липофильными группами и пептидными молекулами.
Zatsepin T.S. et al. Bioconjugate Chemistry, 13 (4) 822-830, 2002;
Zatsepin T.S. et al. Tetrahedron Letters, 47 5515-5518, 2006;
Zatsepin T.S. et al. Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 26 (6) 795-798, 2007;
Dolinnaya N.G. et al. Current Organic Chemistry, 13 (11) 1029-1049, 2009;
Khomyakova E.A. et al. Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 30 (7) 577-584, 2011.
2) Исследован механизм ретровирусной интеграции и структура комплекса интегразы ВИЧ-1 с ДНК
На основании детального кинетического исследования ферментативных реакций впервые показано, что интеграза ВИЧ-1 является практически однооборотным ферментом. Изучена стехиометрия белково-нуклеинового связывания и с помощью набора модифицированных аналогов вирусной ДНК установлено, какие участки ДНК непосредственно взаимодействуют с определенными остатками лизина в белке. В сотрудничестве с лабораториями биотехнологии и прикладной генетической фармакологии НЦНИ в г. Кашане и институтом генетики и молекулярной биологии в г. Страсбурге во Франции предложена принципиально новая модель взаимодействия интегразы с вирусной ДНК. С использованием методов “кросслинкинга” белка и ДНК и криоэлектронной микроскопии исследована структура комплекса интегразы с ДНК и ее клеточным кофактором – белком LEDGF/p75. Впервые выделены и охарактеризованы рекомбинантные интегразы ВИЧ-1 субтипа А и нового генетического варианта CRF63_02A1, широко распространенных на территории России.
Smolov M. et al. FEBS J., 273 (6) 1137-1151, 2006;
Agapkina J. et al. J. Biol. Chem., 281 (17) 11530-11540, 2006;
Michel F. et al. EMBO J., 28 (7) 980-991, 2009;
Shadrina O. et al. Biochimie, 102, 92-101, 2014;
Агапкина Ю.Ю. et al. Acta Naturae, 11(1), 14-22, 2019.
3) Разработаны подходы к созданию ингибиторов интегразы ВИЧ-1
Информация, полученная при изучении структуры интегразы ВИЧ-1, использована для разработки новых ингибиторов интеграции на основе соединений различной природы, в том числе на основе коротких модифицированных олигонуклеотидов. Показано, что они являются аллостерическими ингибиторами интегразы: взаимодействуют с комплексом интегразы с вирусной ДНК и вызывают его быструю и эффективную диссоциацию. С использованием суперкомпьютеров Ломоносов и Ломоносов-2 проведено моделирование связывания наиболее эффективного олигонуклеотидного ингибитора с ИН. Показано, что некоторые олигонуклеотидные ингибиторы интегразы ВИЧ-1 способны подавлять обратную транскрипцию в инфицированных клетках. Обнаружено также несколько новых классов низкомолекулярных органических соединений, обладающих антиинтегразной активностью.
Grigorov B. et al. Nucleic Acids Research, 39 (13) 5586-5596, 2011;
Korolev S. et al. Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 30 (12) 651-666, 2011;
Agapkina J. et al. ACS Med. Chem. Lett., 2 532–537, 2011;
Anisenko A.N. et al. Scientific reports, 7 5649б 2017.
4) Установление механизма репарации повреждений генома человека в результате интеграции в него ДНК ВИЧ-1.
Впервые показано, что в пост-интеграционной репарации клеточной ДНК участвует ДНК-зависимая протеин-киназа (ДНК-ПК), которая является основным участником системы репарации двуцепочечных разрывов в ДНК по пути негомологичного соединения концов. ДНК-ПК состоит из белка Ku, который является сенсором свободного конца ДНК, и каталитической субъединицы (DNA-PKcs). Установлено, что белок Ku способен связываться с интегразой ВИЧ-1, и выявлены аминокислоты в составе интегразы, необходимые для связывания с Ku. С использованием псевдовируса, содержащего мутантную интегразу, неспособную связывать Ku, показано, что пост-интеграционная репарация начинается с привлечения белка Ku к месту интеграции именно за счет его связывания с вирусной интегразой. Далее Ku привлекает каталитическую субъединицу DNA-PKcs и сформированная ДНК-ПК фосфорилирует белки, непосредственно осуществляющие процесс репарации. Таким образом, комплекс интегразы и Ku может рассматриваться как новая потенциальная мишень для разработки анти-ВИЧ препаратов.
Княжанская Е.С. и др. Мол. биол., 50 (4) 639-654, 2016;
Anisenko A.N. et al. Scientific reports, 7 5649б 2017;
Anisenko A.N. et al. J. Virol. Methods, 262 12-19, 2018.
5) Характеристика системы репарации неканонических пар нуклеотидов и молекулярной структуры и функций белков MutS и MutL и их комплексов с ДНК
Разработаны уникальные подходы к исследованию молекулярного механизма действия системы репарации неканонических пар нуклеотидов - «мисматчей» (MMR), обеспечивающей исправление «ошибок» в ДНК.
Впервые предложены ДНК-реагенты с бета-дикетогруппой в углеводном фрагменте, способной взаимодействовать с остатками аргинина, и акриламидной группировкой, нацеленной на остатки цистеина. Показана возможность использования таких соединений в реакциях «кросслинкинга» с белками MutS и MutL из системы MMR. Установлено, что аминокислотные остатки в позициях 218, 251 и 282 белка MutL из E. coli входят в состав его ДНК-связывающего центра. Продемонстрирована сближенность остатков Cys каталитического центра белка MutL из Neisseria gonorrhoeae с ДНК-лигандом. Доказано, что ковалентно зафиксированный на ДНК белок MutS сохраняет свою активность и способен взаимодействовать с белком MutL, а значит перемещение комплекса MutS-MutL по ДНК не является обязательным условием для активации системы репарации «мисматчей». Изучены конформационные перестройки в ДНК на различных этапах её взаимодействия с MutS. Сконструированы ДНК-системы, содержащие дисульфидную группировку (для фиксации динамичных комплексов MutS) и флуоресцентную пару (в качестве репортёрной конструкции). Показано, что при образовании «окончательного» узнающего комплекса с MutS происходит изменение конформации дуплекса, характеризующееся отсутствием изгиба двойной спирали. Обнаружено изменение положения ДНК в комплексе с гомодимером MutS при замене АДФ на АТФ в АТФазном центре этого белка. Разработанная стратегия может быть использована для реконструкции основных этапов функционирования систем репарации в клетке на молекулярном уровне.
Впервые проведено детальное биохимическое исследование влияния остатка тимидингликоля (Tg) – продукта окисления тимидина – в ДНК на функционирование системы MMR. Показано, что появление Tg в составе кольцевых ДНК не активирует белки системы репарации «мисматчей». Это обусловлено отсутствием эффективного связывания сенсорного белка MutS с фрагментами ДНК, содержащими пары G/Tg и A/Tg, и невозможностью формирования изгиба ДНК, характерного для «начального» узнающего комплекса.
Впервые выделены белки MutL, MutS и β-субъединица ДНК-полимеразы III (β-«зажим») – компоненты системы репарации некомплементарных пар нуклеотидов из Rhodobacter sphaeroides, и продемонстрирована их активность. Показано, что степень расщепления ДНК MutL из Rhodobacter sphaeroides в присутствии ионов двухвалентных металлов уменьшается в ряду Mn2+ > Co2+ > Mg2+ > Cd2+ >> Ni2+ ≈ Ca2+ ≈ Zn2+. Скорость гидролиза АТФ этим белком на порядок выше по сравнению с другими бактериальными аналогами.
Heinze R.J. et al. Mol. Biosyst., 8 1861–1864, 2012;
Dolinnaya N.G. et al. Biochimie, 95 (2) 134-147, 2013;
Perevozchikova S.A. et al. PLoS ONE, 9 (8) e104963, 2014;
Kubareva E.A. et al. Natural science, 7 (11) 491-509, 2015;
Monakhova M. et al. J. Chromatogr. A, 1389 19-27, 2015;
Монахова М.В. и др. Биохимия, 83 (3) 404-418, 2018;
Монахова М.В. и др. Биоорган. химия, 45 (3) 303-314, 2019.
6) Исследованы новые механизмы регуляции экспрессии генов в бактериальных клетках
Изучена роль нового типа регуляторов транскрипции прокариот – малых нетранслируемых 6S РНК. Показано, что две 6S РНК (6S-1 и 6S-2) грамположительной бактерии Bacillus subtilis, и 6S РНК азотфиксирующей гетеротрофной альфа-протеобактерии Rhodobacter sphaeroides имеют сходные структуры и свойства с 6S РНК E. coli: ингибируют транскрипцию за счет непосредственного связывания с холоферментом РНК-полимеразы (РНКП) и блокирования её активного центра. Продемонстрировано, что 6S-1 и 6S-2 B. subtilis, активные в различных фазах клеточного роста, влияют на уровень экспрессии многих белков, в частности вовлеченных в процессы стрессового ответа. Таким образом, опровергнута гипотеза, согласно которой 6S-2 РНК считалась нефункциональным аналогом 6S-1 РНК.
Впервые экспериментально доказано, что 6S РНК действительно необходимы для выживания клеток в стрессовых условиях.
Уникальной особенностью 6S РНК является возможность синтеза на её матрице коротких транскриптов – пРНК (от англ. «product RNA»). Образующийся комплекс 6S РНК:пРНК теряет сродство к РНКП, и «свободный» фермент вновь способен вести транскрипцию. Впервые in vitro продемонстрирован синтез РНК-полимеразой коротких транскриптов на матрице 6S-1 и 6S-2 РНК из B. subtilis и определены нуклеотидные последовательности образующихся 14-16-звенных пРНК. В случае 6S 2 РНК зафиксированы и более протяженные транскрипты длиной до 26 нуклеотидных остатков. Обнаружено, что эффективность их синтеза прямо пропорциональна концентрации АТФ. Активный синтез пРНК-транскриптов различной длины в бактерии R. sphaeroides обнаружен in vivo.
В сотрудничестве с группой проф. Р. Хартманна (Университет имени Филиппа, г. Марбург, Германия) разработаны и оптимизированы протоколы выделения экстремально малых РНК (< 20 нуклеотидных остатков) и их детекции в клеточных РНК-экстрактах методом Нозерн-блотинга с помощью модифицированных ДНК-зондов, содержащих остатки ковалентно-замкнутых нуклеозидов.
В бактериях семейства Rhizobiales – B. japonicum и S. meliloti, азотфиксирующих симбионтов различных бобовых растений, обнаружена новая малая РНК - Rre. Установлено, что RreB РНК из бактерии B. japonicum имеет участок комплементарности к 16S рРНК, который перекрывается с последовательностью анти-Шайна-Дальгарно. Эта особенность позволяет RreB РНК связываться с 30S субъединицей рибосомы и ингибировать трансляцию. Кроме того, RreB РНК содержит короткую открытую рамку считывания, кодирующую 14-звенный пептид. Методами биоинформатического анализа предсказано наличие в бактерии S. meliloti сразу четырех потенциальных ортологов RreB РНК B. japonicum, названных RreS1–RreS4 РНК. Экспрессия RreS1–RreS4 РНК в клетках экспериментально подтверждена с помощью количественной ПЦР с обратной транскрипцией и Нозерн-блоттинга.
Burenina O.Y. et al. RNA, 20 (3) 348–359, 2014.
Damm K. et al. Methods in Molecular Biology, 1296 29–38, 2015;
Damm K. et al. Methods in Molecular Biology, 1296 41-51, 2015;
Буренина О.Ю. и др. Биохимия, 80 (11) 1641–1661, 2015;
Hoch P.G. et al. Biochimie, 117 87–99, 2015;
Буренина О.Ю. и др. Acta Naturae, 9 (4) 13–26, 2017;
Hahn J. et al. RNA Biology, 14 (10) 1353-1363, 2017;
Elkina D.A. et al. RNA Biology, 14 (11) 1627–1637, 2017;
7) Разработка подходов к модулированию активности ферментов, гидролизующих и метилирующих ДНК, на основе анализа механизмов их взаимодействия с субстратами
Установлен кинетический механизм образования и структурно–функциональные особенности комплексов ДНК с бифункциональным ферментом С5-цитозиновой ДНК-метилтрансферазой SsoII, которая не только метилирует остаток цитозина, но и связывается с промоторной областью системы рестрикции-модификации SsoII, подавляя транскрипцию собственного гена и стимулируя транскрипцию гена эндонуклеазы рестрикции.
Получена новая информация о функционировании гетеродимерных эндонуклеаз рестрикции (ЭР) на примере ЭР BspD6I. Большая субъединица этого фермента является никующей эндонуклеазой (НЭ BspD6I), то есть способна гидролизовать одну цепь ДНК в изолированном виде. Катализ гидролиза двух цепей ДНК ЭР BspD6I происходит, когда обе ее субъединицы находятся в составе одного фермент-субстратного комплекса, вместе с тем малая субъединица может расщеплять ДНК уже после того, как большая субъединица «разрезала» свою цепь.
Разработаны способы обратимого терморегулирования активности белков, гидролизующих ДНК (эндонуклеазы рестрикции, никующие эндонуклеазы), с целью создания эффективных и безопасных молекулярных инструментов в «хирургии» генома. В качестве ингибиторов активности НЭ BspD6I при 25°С предложено использовать ДНК-лиганды с модифицированным межнуклеотидным узлом в месте гидролиза и одноцепочечными разрывами. Повышение температуры реакционной смеси до 45°С приводит к диссоциации дуплексов-ингибиторов, высвобождению фермента и восстановлению его активности. Впервые показано, что самокомплементарные олигодезоксирибонуклеотиды, селективно присоединенные к димеру мутантной формы ЭР SsoII в непосредственной близости от его ДНК-связывающего центра, блокируют гидролиз субстрата при 25°С. Продемонстрировано существенное увеличение эффективности гидролиза субстрата ДНК-белковым конъюгатом при повышении температуры. «Включение» и «выключение» активности конъюгата ЭР SsoII с олигодезоксирибонуклеотидом в интервале от 25 до 45°С обратимо и может происходить в течение двух циклов нагревания-охлаждения.
Abrosimova L.A. et al. IUBMB Life, 65 1012–1016, 2013;
Konarev P.V. et al. PLoS ONE, 9 (4) e93453, 2014;
Abrosimova L.A. et al. Biochim. Biophys. Acta - Proteins and Proteomics, 1864 1072-1082, 2016;
Abrosimova L.A. et al. PLoS ONE, 13 e0207302, 2018;
Перевязова Т.А. и др. Биоорган. химия, 44 (6) 648-654, 2018;
Timofeyeva N.A. et al. Molecules, 23 1192, 2018;
Абросимова Л.А. и др. Биоорган. химия, 45 (5) 451-471, 2019.
8) Исследованы структура и функции РНК-полимеразы E. coli
Впервые предложен механизм транскрипционной интерференции в случае конвергентного расположения промоторов (модель «узкого кармана»), позволяющий объяснить многие явления, наблюдающиеся в природных системах, в частности, полное ингибирование одного из конвергентных промоторов. Получен и всесторонне исследован в системах in vitro набор новых мутантных вариантов сигма-субъединицы РНК-полимеразы E. coli с точечными заменами и делециями в N-концевой области белка. В искусственной многопромоторной системе показана возможность направленной регуляции активности промоторов с использованием мутантных сигма-субъединиц. Продемонстрировано специфическое влияние ряда свободных аминокислот и коротких пептидов на различные стадии процесса транскрипции in vitro.
Koroleva O.N. et al. Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 30 (7-8) 667-79, 2011; Koroleva O.N. et al. Biochim. Biophys. Acta. (General Subjects), 1860(10) 2086-2096, 2016.
9) Впервые обнаружено, что сигма-70-субъединица РНКП, а также белок NEP вируса гриппа способны к образованию амилоидоподобных агрегатов
Эти работы ведутся совместно с сотрудниками кафедры физики полимеров и кристаллов Физического факультета МГУ (Дубровин Е.В., Кузьмина Н.В., Толстова А.П. и др.). Проведенные исследования позволили предложить оригинальный иерархический механизм формирования амилоидных структур, включающий образование псевдоцикла (первичного ядра), служащего жесткой матрицей для дальнейшего спиралевидного роста фибриллы. Предложенный механизм может рассматриваться как универсальный, поскольку объясняет подавляющее большинство наблюдаемых в литературе эффектов при образовании амилоидов, в том числе полиморфизм агрегатов.
Koroleva O.N. et al. J. Biosci., 36(1) 43–54, 2011;
Dubrovin E.V. et al. Nanomedicine: Nanotechn., Biology and Medicine, 8 (1) 54-62, 2012; Koroleva O.N. et al. Soft Matter, 12(7) 1974-1982, 2016;
Golovko A.O. et al. Biochemistry (Moscow), 83(11) 1411-1421, 2018;
Dubrovin E.V. et al. Microscopy and Microanalysis, 25 1342-1343, 2019.
Участие в научно-исследовательских проектах и грантовая поддержка
Научные исследования отдела на протяжении последних лет были поддержаны:
- грантами Президента РФ для государственной поддержки ведущих научных школ;
- грантами РФФИ;
- совместными грантами РФФИ и Немецкого научно-исследовательского общества "Международные исследовательские группы с участием молодых ученых" (партнеры со стороны Германии - Немецкое научно-исследовательское общество, Университет Юстаса Либиха, г. Гиссен, Университет Филиппа, г. Марбург);
- совместными грантами РФФИ-НЦНИЛ (Международная ассоциированная лаборатория. Партнеры со стороны Франции - Национальный центр научных исследований, Высшая нормальная школа г. Кашана, Университет г. Монпелье);
- совместным грантом РФФИ и Департамента науки и технологии правительства Индии (партнер со стороны Индии - Индийский институт науки, департамент биохимии, г. Бангалор);
- контрактами с Комиссией Европейских сообществ;
- грантами РНФ – “Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований коллективами существующих научных лабораторий (кафедр)”;
- грантами РНФ – “Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами”;
- грантами РНФ – “Проведение исследований научными группами под руководством молодых ученых”.
Педагогическая деятельность
Сотрудники отдела химии нуклеиновых кислот (совместно с сотрудниками лаборатории химии нуклеиновых кислот кафедры химии природных соединений химического факультета МГУ) осуществляют руководство диссертационными, дипломными и курсовыми работами аспирантов и студентов химического факультета и факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ, а также участвуют в проведении семинаров и практикумов для студентов этих факультетов.
С 2017 г. отдел участвует в японско-российской Программе по подготовке ведущих ученых и инженеров в области здравоохранения, медицинской, ядерной и энергетической промышленности. Сотрудничество осуществляется на базе интеграции образования и исследований, реализуемых в Токийском технологическом институте и в двух ведущих Российских университетах: МГУ имени М.В. Ломоносова и Национальном исследовательском ядерном университете «МИФИ».
Курсы лекций:
Проф. Готтих М.Б., проф. Орецкая Т.С. – “Биоорганическая химия”, 3 курс, химический факультет МГУ.
Проф. Готтих М.Б. - “Химия нуклеиновых кислот”, 4 курс, химический факультет МГУ.
Проф. Орецкая Т.С. – “Введение в специализацию: Химия моно- и дисахаридов”, 4 курс, химический факультет МГУ.
Проф. Готтих М.Б., проф. Орецкая Т.С. - “Геном человека: страхи и надежды”, межфакультетский курс.
Семинарские занятия:
К.х.н. Королев С.П., к.б.н. Анисенко А.Н. – «Основы молекулярной биологии», 2 курс, факультет биоинженерии и биоинформатики.
К.х.н. Королев С.П. – «Актуальные проблемы молекулярной биологии», аспиранты, химический факультет.
Статьи
- Трефилов В.С., Линдин Е.Ю., Монахова М.В., Кисиль О.В., Вирясов М.Б., Орецкая Т.С., Кубарева Е.А.(2025) Инструментальные подходы к обнаружению и количественному определению сурфактина. Биоорганическая химия, >>
- Trefilov V.S., Lindin E.Yu, Monakhova M.V., Kisil O.V., Viryasov M.B., Oretskaya T.S., Kubareva E.A.(2025) Instrumental Approaches to the Detection and Quantification of Surfactin. Russian Journal of Bioorganic Chemistry, >>
- Savitskaya V.Yu, Novoselov K.A., Dolinnaya N.G., Monakhova M.V., Snyga V.G., Diatlova E.A., Peskovatskova E.S., Golyshev V.M., Kitaeva M.I., Eroshenko D.A., Zvereva M.I., Zharkov D.O., Kubareva E.A.(2025) Position-dependent effects of AP sites within an hTERT promoter G-quadruplex scaffold on quadruplex stability and repair activity of the APE1 enzyme. International Journal of Molecular Sciences, >>
- Bai Petr A., Solovjev Anton M., Kubareva Elena A., Kurzeev Sergey A., Sakharov Ivan Yu(2025) Chemiluminescent heterogeneous and homogeneous-heterogeneous assays for determination of nicking endonuclease activity. Analytical Biochemistry, >>
- Agapkina Y.Y., Ponomareva T.Y., Vdovina M.V., Ziganshin R.H., Rozina A.A., Anisenko A.N., Gottikh M.B.(2025) New Cellular Partners of HIV-1 Integrase and their Role in Viral Replication. Doklady Biochemistry and Biophysics, >>
- Жердева В.В., Рассомахина Н.В., Юркова А.Ю., Монахова М.В., Гук Е.А., Апухтина У.А., Малошенок Л.Г.(2025) Снижение экспрессии генов цитоскелета в опухолевых клетках при лентивирусной трансдукции. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология, >>
- Королева О.Н., Кузьмина Н.В., Толстова А.П., Дубровин Е.В., Друца В.Л.(2024) Влияние добавки С- и N-концевого полигистидинового тега на агрегацию белка NEP вируса гриппа A. Биохимия, >>
- Koroleva Olga N., Kuzmina Natalya V., Tolstova Anna P., Dubrovin Evgeniy V., Drutsa Valerii L.(2024) Effect of C- and N-Terminal Polyhistidine Tags on Aggregation of Influenza A Virus Nuclear Export Protein. Biochemistry (Moscow), >>
- Дубровин Е.В., Королева О.Н., Кузьмина Н.В., Друца В.Л.(2024) Исследование агрегатов белка ядерного экспорта вируса гриппа А с помощью атомно-силовой микроскопии. Наноиндустрия, >>
- Koroleva Olga N., Kuzmina Natalia V., Dubrovin Evgeniy V., Drutsa Valeriy L.(2024) Atomic force microscopy of spherical intermediates on the pathway to fibril formation of influenza A virus nuclear export protein. Microscopy Research and Technique, >>
- Kikhai Tatiana F., Agapkina Yulia Yu, Prikazchikova Tatiana A., Vdovina Maria V., Shekhtman Sofia P., Fomicheva Sofia V., Korolev Sergey P., Marina B.Gottikh(2024) Role of I182, R187, and K188 Amino Acid Residues in the Catalytic Domain of HIV-1 Integrase in the Processes of Reverse Transcription and Integration. Biochemistry (Moscow), >>
- Korolev Sergey P., Shulepova Aleksandra A., Anisenko Andrey N., Galkin Simon O., Alexandrova Liudmila A., Jasko Maxim V., Matyugina Elena S., Novikov Mikhail S., Khandazhinskaya Anastasiya L., Kochetkov Sergey N., Gottikh Marina B.(2024) Dual-Reporter SARS-CoV-2 Replicon for Screening Viral Polymerase Inhibitors. Biochemistry (Moscow), >>
- Petushkov I., Elkina D., Burenina O., Kubareva E., Kulbachinskiy A.(2024) Key interactions of RNA polymerase with 6S RNA and secondary channel factors during pRNA synthesis. Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms, >>
- Линдин Е.Ю., Трефилов В.С., Буренина О.Ю., Зверева М.Э., Кубарева Е.А.(2024) Малая некодирующая 6S РНК в регуляции биосинтеза сурфактина клетками Bacillus subtilis. Биотехнология, >>
- Trefilov V.S., Labanov V.A., Khrenova M.G., Panova T.V., Rodin V.A., Savitskaya V.Y., Kubareva E.A., Zvereva M.I.(2024) Genomic characterization of Bacillus subtilis PY79 and NCIB 3610 as potential producers of surfactin. Applied Biochemistry and Microbiology, >>
- Sergeev A.V., Loiko A.G., Genatullina A.I., Petrov A.S., Kubareva E.A., Dolinnaya N.G., Gromova E.S.(2024) Crosstalk between G-quadruplexes and Dnmt3a-mediated methylation of c-MYC oncogene promoter. International Journal of Molecular Sciences, >>
- Molchanova Marina V., Ikonnikova Viktoria A., Anisenko Andrey N., Gottikh Marina B., Baranov Mikhail S., Mikhaylov Andrey A.(2024) The cycloaddition reaction of benzothiazolium ylides with α-cyanocinnamamides: the synthesis of structural analogs of inhibitors of HIV-1 post-integrational repair. Chemistry of Heterocyclic Compounds, >>
- Anisenko Andrey N., Nefedova Anastasiia A., Kireev Igor I., Gottikh Marina B.(2024) Post-Integrational DNA Repair of HIV-1 Is Associated with Activation of the DNA-PK and ATM Cellular Protein Kinases and Phosphorylation of Their Targets. Biochemistry (Moscow), >>
- Nikitenko Ekaterina D., Borisenko Ilya E., Anisenko Andrey N., Vortsepneva Elena V.(2024) Transcriptomic sequence dataset of a potential new model species for studying biomineralization Onchidoris muricata (Nudibranchia, Gastropoda, Mollusca). Data in Brief, >>
- Nikitenko E.D., Anisenko A.N., Vortsepneva E.V.(2024) Regeneration in the dorids exemplified by Onchidoris muricata (Gastropoda, Nudibranchia). RUTHENICA: РУССКИЙ МАЛАКОЛОГИЧЕСКИЙ ЖУРНАЛ, >>
- Kikhai T., Agapkina Y., Silkina M., Prikazchikova T., Gottikh M.(2024) The cellular SFPQ protein as a positive factor in the HIV-1 integration. Biochimie, >>
- Karpov A.S., Elkina D.A., Oretskaya T.S., Kubareva E.A.(2023) Bacterial аdaptation mechanisms to stress conditions with small non-coding RNAs рarticipation (a review). Russian Journal of Bioorganic Chemistry, >>
- Карпов А.С., Елкина Д.А., Орецкая Т.С., Кубарева Е.А.(2023) Механизмы адаптации бактерий к стрессовым условиям посредством малых некодирующих РНК. Биоорганическая химия, >>
- Anisenko Andrey, Galkin Simon, Mikhaylov Andrey A., Khrenova Maria G., Agapkina Yulia, Korolev Sergey, Garkul Lidia, Shirokova Vasilissa, Ikonnikova Viktoria A., Korlyukov Alexander, Dorovatovskii Pavel, Baranov Mikhail, Gottikh Marina(2023) KuINins as a New Class of HIV-1 Inhibitors That Block Post-Integration DNA Repair. International Journal of Molecular Sciences, >>
- Arutyunyan A.F., Kostyukov A.A., Korolev S.P., Gottikh M.B., Kaluzhny D.N., Susova O.Yu, Zhuze A.L.(2023) DNA Sequence-Specific Ligands. 19. Synthesis, Spectral Properties, Virological and Biochemical Studies of DB3(n) Fluorescent Dimeric Trisbenzimidazoles. Molecular Biology, >>
- Khomutov M.A., Salikhov A.I., Mitkevich V.A., Tunitskaya V.L., Smirnova O.A., Korolev S.P., Chizhov A.O., Gottikh M.B., Kochetkov S.N., Khomutov A.R.(2023) C-Methylated Spermidine Derivatives: Convenient Syntheses and Antizyme-Related Effects. Biomolecules, >>
- Арутюнян А.Ф., Костюков А.А., Королев С.П., Готтих М.Б., Сусова О.Ю., Калюжный Д.Н., Жузе А.Л.(2023) Лиганды, специфичные к определенным последовательностям ДНК. XIX. Синтез, спектральные зарактеристики, вирусологические и биохимические исследования флуоресцентных симметричных димерных трисбензимидазолов DB3(n). Молекулярная биология. Молекулярная биология, >>
- Arutyunyan Albert F., Kostyukov Alexey A., Lushpa Vladislav A., Mineev Konstantin S., Korolev Sergey P., Gottikh Marina B., Klimova Regina R., Kushch Alla A., Kalabina Kseniya V., Susova Olga Yu, Zhuze Alexei L.(2023) DNA sequence-specific ligands. XX. Synthesis, spectral properties, virological and biochemical studies of fluorescent dimeric trisbenzimidazoles DB3P(n). Medicinal Chemistry Research, >>
- Panova V.V., Dolinnaya N.G., Novoselov K.A., Savitskaya V.Y., Chernykh I.S., Kubareva E.A., Alexeevski A.V., Zvereva M.I.(2023) Conserved G-quadruplex-forming sequences in mammalian TERT promoters and their effect on mutation frequency. Life, >>
- Savitskaya V.Y., Strekalovskikh V.V., Snyga V.G., Monakhova M.V., Arutyunyan A.M., Dolinnaya N.G., Kubareva E.A.(2023) pilE G-QuadruplexIs recognized and preferentially bound but not processed by the MutL endonuclease from Neisseria gonorrhoeae mismatch repair pathway. International Journal of Molecular Sciences, >>
- Savitskaya V.Y., Dolinnaya N.G., Strekalovskikh V.V., Peskovatskova E.S., Snyga V.G., Trefilov V.S., Monakhova M.V., Kubareva E.A.(2023) Bioinformatics analysis of global diversity in Meningococcal vaccine antigens over the past 10 Years: vaccine efficacy prognosis. Medical Sciences, >>
- Трефилов В.С., Лабанов В.А., Хренова М.Г., Панова Т.В., Родин В.А., Савицкая В.Ю., Кубарева Е.А., Зверева М.Э.(2023) Геномная характеристика бактерий Bacillus subtilis PY79 И NCIB 3610 как потенциальных продуцентов сурфактина. Биотехнология, >>
- Pavlova A.V., Dolinnaya N.G., Zvereva M.I., Kubareva E.A., Monakhova M.V.(2023) New DNA plasmid model for studying DNA mismatch repair response to the G4 structure. International Journal of Molecular Sciences, >>
- Кисиль О.В., Трефилов В.С., Садыкова В.С., Зверева М.Э., Кубарева Е.А.(2023) Сурфактин: биологическая активность и возможность применения в сельском хозяйстве. Прикладная биохимия и микробиология, >>
- Kisil O.V., Trefilov V.S., Sadykova V.S., Zvereva M.E., Kubareva E.A.(2023) Surfactin: its biological activity and possibilityof application in agriculture. Applied Biochemistry and Microbiology, >>
- Anisenko Andrey, Nefedova Anastasiia, Agapkina Yulia, Gottikh Marina(2023) Both ATM and DNA-PK Are the Main Regulators of HIV-1 Post-Integrational DNA Repair. International Journal of Molecular Sciences, >>
- Monakhova M.V., Kubareva Е.A., Kolesnikov K.K., Anashkin V.A., Kosaretskiy Е.M., Zvereva M.I., Romanova E.A., Friedhoff P., Oretskaya T.S., Zatsepin T.S.(2022) Reactive acrylamide-modified DNA traps for accurate cross-linking with cysteine residues in DNA–protein complexes using mismatch repair protein MutS as a model. Molecules, >>
- Burenina O.Y., Elkina D.A., Ovcharenko A., Bannikova V.A., Schlüter M.A.C, Oretskaya T.S., Hartmann R.K., Kubareva E.A.(2022) Involvement of E. coli 6S RNA in oxidative stress response. International Journal of Molecular Sciences, >>
- Hyvönen M.T., Smirnova O.A., Mitkevich V.A., Tunitskaya V.L., Karpov D.S., Khomutov M.R., Korolev S.P., Pietilä M., Ivanov A.V., Gottikh M.B., Vepsäläinen J., Alhonen L., Makarov A.A., Kochetkov S.N., Wallace H.M., Keinänen T.A., Khomutov A.R.(2022) Role of Polyamine-Induced Dimerization of Antizyme in Its Cellular Functions. International Journal of Molecular Sciences, >>
- Savitskaya V.Yu, Monakhova M.V., Iakushkina I.V., Borovikova I.I., Kubareva E.A.(2022) Neisseria gonorrhoeae: DNA repair systems and their role in pathogenesis. Biochemistry (Moscow), >>
- Савицкая В.Ю., Монахова М.В., Якушкина Ю.В., Боровикова И.И., Кубарева Е.А.(2022) Бактерия Neisseria gonorrhoeae: системы репарации ДНК и их роль в патогенезе. Биохимия, >>
- Loiko A.G., Sergeev A.V., Genatullina A.I., Monakhova M.V., Kubareva E.A., Dolinnaya N.G., Gromova E.S.(2022) Impact of G-quadruplex structures on methylation of model substrates by DNA methyltransferase Dnmt3a. International Journal of Molecular Sciences, >>
- Pavlova A.V., Savitskaya V.Yu, Dolinnaya N.G., Monakhova M.V., Litvinova A.V., Kubareva E.A., Zvereva M.I.(2022) G-quadruplex formed by the promoter region of the hTERT gene: structure-driven effects on DNA mismatch repair functions. BIOMEDICINES, >>
- Anna Rozina, Anisenko Andrey, Kikhai Tatiana, Silkina Maria, Gottikh Marina(2022) Сomplex Relationships between HIV-1 Integrase and Its Cellular Partners. International Journal of Molecular Sciences, >>
- Shadrina Olga, Garanina Irina, Anisenko Andrey, Kireev Igor, Gottikh Marina(2022) Transcriptome analysis of HEK 293T cells revealed different significance of the depletion of DNA-dependent protein kinase subunits, Ku70, Ku80, and DNA-PKcs. Biochimie, >>
- Gudkov Alexander, Shirokorad Valery, Kashintsev Kirill, Sokov Dmitriy, Nikitin Daniil, Anisenko Andrey, Borisov Nicolas, Sekacheva Marina, Gaifullin Nurshat, Garazha Andrew, Suntsova Maria, Koroleva Elena, Buzdin Anton, Sorokin Maksim(2022) Gene Expression-Based Signature Can Predict Sorafenib Response in Kidney Cancer. Frontiers in Molecular Biosciences, >>
- Ilgova Ekaterina, Galkin Simon, Khrenova Maria, Serebryakova Marina, Gottikh Marina, Anisenko Andrey(2022) Complex of HIV-1 Integrase with Cellular Ku Protein: Interaction Interface and Search for Inhibitors. International Journal of Molecular Sciences, >>
- Галкин С.О., Анисенко А.Н., Шадрина О.А., Готтих М.Б.(2022) ГЕННО-ИНЖЕНЕРНЫЕ СИСТЕМЫ ДЛЯ ИЗУЧЕНИЯ ВИРУСНЫХ ПАТОГЕНОВ ЧЕЛОВЕКА ИЗ СЕМЕЙСТВА Coronaviridae. Молекулярная биология, >>
- Galkin S.O., Anisenko A.N., Shadrina O.A., Gottikh M.B.(2022) Genetic Engineering Systems to Study Human Viral Pathogens from the Coronaviridae Family. Molecular Biology, >>
- Шадрина О.А., Кихай Т.Ф., Агапкина Ю.Ю., Готтих М.Б.(2022) Белки SFPQ, NONO и длинная некодирующая РНК NEAT1: функции в клетке и в жизненном цикле ВИЧ-1. Молекулярная биология, >>
- Shadrina O.A., Kikhai T.F., Agapkina Yu Yu, Gottikh M.B.(2022) SFPQ and NONO Proteins and Long Non-Coding NEAT1 RNA: Cellular Functions and Role in the HIV-1 Life Cycle. Molecular Biology, >>
- Abrosimova L.A., Kuznetsov N.A., Astafurova N.A., Samsonova A.R., Karpov A.S., Perevyazova T.A., Oretskaya T.S., Fedorova O.S., Kubareva E.A.(2021) Kinetic аnalysis of the interaction of nicking endonuclease BspD6I with DNA. Biomolecules, >>
- Perry S.A., Kubareva E.A., Monakhova M.V., Trikin R.M., Kosaretskiy E.M., Romanova E.A., Metelev V.G., Friedhoff P., Oretskaya T.S.(2021) DNA with a 2-pyridyldithio group at the C2' atom: a promising tool for the crosslinking of the MutS protein preserving its functional activity. Russian Journal of Bioorganic Chemistry, >>
- Burenina O.Y., Oretskaya T.S., Kubareva E.A.(2021) Detection of small products of transcription from 6S RNA (pRNA) by “mirror-like” northern blot hybridization. Russian Journal of Bioorganic Chemistry, >>
- Буренина О.Ю., Орецкая Т.С., Кубарева Е.А.(2021) Детекция малых пРНК – продуктов транскрипции 6S РНК – с помощью нозерн-блот-гибридизации в "зеркальном" варианте. Биоорганическая химия, >>
- Перри С.А., Кубарева Е.А., Монахова М.В., Трикин Р.М., Косарецкий Е.М., Романова Е.А., Метелев В.Г., Фридхофф П., Орецкая Т.С.(2021) ДНК с 2-пиридилдитиогруппой при С2'-атоме – перспективные инструменты для фиксации белка MutS с сохранением его функциональной активности. Биоорганическая химия, >>
- Metelev V.G., Oretskaya T.S.(2021) Modified Oligonucleotides: New Structures, New Properties, and New Spheres of Application. Russian Journal of Bioorganic Chemistry, >>
- Метелев В.Г., Орецкая Т.С.(2021) Модифицированные олигонуклеотиды: новые структуры, новые свойства, новые области применения. Биоорганическая химия, >>
- Kapitonova М.А., Shadrina O.A., Korolev S.P., Gottikh M.B.(2021) Main Approaches to Controlled Protein Degradation in the Cell. Molecular Biology, >>
- Капитонова М.А., Шадрина О.А., Королев С.П., Готтих М.Б.(2021) ОСНОВНЫЕ ПОДХОДЫ К КОНТРОЛИРУЕМОЙ ДЕГРАДАЦИИ БЕЛКОВ В КЛЕТКЕ. Молекулярная биология, >>
- Панова В.В., Тулаева Е.Р., Новоселов К.А., Кубарева Е.А., Зверева М.Э., Алексеевский А.В.(2021) Биоинформатический анализ соматических мутаций в контексте образования G-квадруплексов в промоторе гена TERT и в других онкогенах. Успехи молекулярной онкологии, >>
- Павлова А.В., Савицкая В.Ю., Монахова М.В., Зверева М.Э., Кубарева Е.А.(2021) Необычный характер взаимодействия ключевых белков системы репарации «мисматчей» с фрагментом промотора гена TERT, содержащим G-квадруплексы. Успехи молекулярной онкологии, >>
- Павлова А.В., Писарев Э.К., Монахова М.В., Кубарева Е.А., Зверева М.Э.(2021) Взаимосвязь возникновения драйверных мутаций с наличием G-квадруплексных структур в ДНК при канцерогенезе на примере промоторной области гена TERT. Успехи молекулярной онкологии, >>
- Pavlova A.V., Kubareva E.A., Monakhova M.V., Zvereva M.I., Dolinnaya N.G.(2021) Impact of G-quadruplexes on the regulation of genome integrity, DNA damage and repair. Biomolecules, >>
- Monakhova M.V., Milakina M.A., Savitskaya V.Yu, Romanova E.A., Rao D.N., Kubareva E.A.(2021) MutL protein from the Neisseria gonorrhoeae mismatch repair system: interaction with ATP and DNA. Molecular Biology, >>
- Монахова М.В., Милакина М.А., Савицкая В.Ю., Романова Е.А., Rao D.N., Кубарева Е.А.(2021) Белок MutL из системы репарации мисматчей бактерии Neisseria gonorrhoeae: взаимодействие с ATP и ДНК. Молекулярная биология, >>
- Anna Rozina, Anisenko Andrey, Galkin Simon, Gottikh Marina(2021) XL-MS for novel HIV-1 integrase partners detection. Protein Science, >>
- Galkin Simon, Anisenko Andrey, Shadrina Olga, Gottikh Marina(2021) Luciferase-based SARS-CoV-2 Replicon System for Studying Viral Replication and Discontinuous Transcription. Protein Science, >>
- Ilgova Ekaterina, Galkin Simon, Anisenko Andrey, Gottikh Marina(2021) Rational Screening for Inhibitors of the HIV Integrase-Ku70 (XRCC6) Interaction. Protein Science, >>
- Anisenko Andrey, Shadrina Olga, Garanina Irina, Gottikh Marina(2021) Transcriptome dataset of HEK293T cells depleted of one of the subunits of the DNA-PK complex: Ku70, Ku80 or DNA-PKcs. Data in Brief, >>
- Kikhai T., Agapkina Y., Shadrina O., Gottikh M.(2021) The role of human SFPQ protein in HIV1 replication. FEBS open bio, >>
- Isaguliants Maria, Krotova Olga, Petkov Stefan, Jansons Juris, Bayurova Ekaterina, Mezale Dzeina, Fridrihsone Ilze, Kilpelainen Athina, Podschwadt Philip, Agapkina Yulia, Smirnova Olga, Kostic Linda, Saleem Mina, Latyshev Oleg, Eliseeva Olesja, Malkova An(2021) Cellular Immune Response Induced by DNA Immunization of Mice with Drug Resistant Integrases of HIV-1 Clade A Offers Partial Protection against Growth and Metastatic Activity of Integrase-Expressing Adenocarcinoma Cells. Microorganisms, >>
- Perevyazova T.A., Yunusova А.К., Artyukh R.I., Viryasov M.B., Kubareva E.A., Zheleznaya L.A.(2018) Restriction endonuclease BspD6II, a new thermophilic isoschizomer of Eco57I. Russian Journal of Bioorganic Chemistry, >>
- Monakhova M., Ryazanova A., Hentschel A., Viryasov M., Oretskaya T., Friedhoff P., Kubareva E.(2015) Chromatographic isolation of the functionally active MutS protein covalently linked to deoxyribonucleic acid. Journal of Chromatography A, >>