Отдел биокинетики

НИИ Физико-химической биологииимени А. Н. Белозерского МГУ

  2. Отделы и лаборатории
  3. Подразделения

Отдел биокинетики

Руководитель: Швядас Витаутас-Юозапас Каятоно

Отдел биокинетики организован в 1965 г. выдающимся российским ученым, профессором, чл.-корр. АН СССР И.В. Березиным на основе всемирно известной российской школы химической кинетики, созданной лауреатом Нобелевской премии, акад. Н.Н. Семеновым, в качестве логического развития интереса ученых-химиков к биологическим объектам. И.В. Березин руководил отделом с 1965 по 1978 г., заведующие отделом в последующие годы – проф. С.Д. Варфоломеев (1978 - 2001 г.г.) и проф. В.К. Швядас (с 2001 г. по настоящее время).

Основные научные достижения отдела

Одно из приоритетных направлений - изучение кинетики и механизма действия ферментов семейства пенициллинацилаз. Для понимания механизма биокатализа, природы специфичности и стереоспецифичности действия, а также разработки новых подходов к биоинженерии ферментов внедрены методы молекулярного моделирования биокаталитических превращений. Исследованы кинетика и механизм реакций ферментативного ацильного переноса в водной среде, разработаны адекватные математические модели, позволяющие описать протекание реакций в широком диапазоне условий вплоть до высоких степеней превращения. Изучены реакции, протекающие как в гомогенном растворе, так и в гетерогенных системах "водный раствор-осадок", а также при минимальном содержании воды в реакционной смеси (твердофазные реакции). Изучена термодинамика реакций гидролиза-синтеза пенициллинов, цефалоспоринов, N-ацилированных аминов, аминокислот и их производных. Выявлены ключевые факторы, определяющие эффективность биокаталитического синтеза в водных средах. Исследованы неканонические превращения, катализируемые пенициллинацилазами и аминоацилазами. Развиты методы эффективного использования ферментов для получения физиологически активных соединений, а также в энантио- и региоселективном органическом синтезе. Достигнут существенный прогресс в развитии методов ферментативного синтеза пептидов, содержащих D-аминокислоты, при использовании ферментов для введения и снятия защитных групп в пептидном синтезе, в химикоэнзиматическом получении стереоизомерно чистых дикетопиперазинов. Созданы научные основы биокаталитических технологий синтеза новых бета-лактамных антибиотиков и получения индивидуальных энантиомеров аминосоединений. Проведены исследования механизма действия сульфатированных липидов на синтез лейкотриенов в нейтрофилах и на лейкоцит-эндотелиальные взаимодействия. Обнаружено, что сульфатированные галактоцереброзиды и сульфатированный холестерин (неопубликованные данные) являются агентами, вызывающими прикрепление нейтрофилов к коллагену и эндотелию. Исследована роль цитоскелета и динамики внутриклеточного кальция в нейтрофилах при действии на клетку сульфатированных галактоцереброзидов. Показано, что сульфатированный холестерин является агентом, вызывающим прикрепление нейтрофилов к эндотелиальным клеткам, активацию продукции супероксида в клетках, а также влияет на синтез лейкотриенов в нейтрофилах и при взаимодействии нейтрофилов с эндотелием и белками экстраклеточного матрикса. Предполагается, что сульфатированные липиды являются активными эндогенными регуляторами клеточного синтеза лейкотриенов, и что важным звеном такой регуляции является клеточная адгезия. Изучен синтез простагландинов и циклопентеноновых простагландинов, выброс арахидоновой и докозагексаеновой кислот при стимуляции астроцитов (глиальные клетки мозга) провоспалительными веществами (интерлейкин 1, фактор некроза опухоли альфа, тромбин, АТР, липополисахарид). Показано, что в регуляции синтеза простаноидов на астроцитах ключевая роль принадлежит докозагексаеновой кислоте, которая предотвращает синтез простаноидов даже на фоне значительной индукции простагландин Н синтазы. Впервые показано, что кальций независимая форма фосфолипазы А2, которая высвобождает докозагексаеновую кислоту из фосфолипидов мембран астроцитов, участвует в развитии воспалительных ответов клеток. Этот фермент предложено использовать для целевого поиска новых подходов к терапии воспалительных процессов в центральной нервной системе. Показано также, что циклопентеноновые простагландины группы А2 и группы Ж2 (15d-PGJ2) эффективно блокируют пролиферацию нормальных и трансформированных астроцитов, что может быть использовано при лечении астроцитозов, сопровождающих воспалительные процессы, и, возможно, ряда опухолевых заболеваний мозга. Проводятся исследования по выяснению механизма действия циклопентеноновых простагландинов и причин их различия во влиянии на первичные и трансформированные клетки. Научные достижения отдела отмечены: Ленинской премией 1982 г. (И.В. Березин, К. Мартинек), Государственными премиями 1984 г. (В.К. Швядас), 1984 г. (С.Д. Варфоломеев, А.А. Клесов), Премиями Ленинского Комсомола 1986 г. (П.В. Вржещ), 1988 г. (И.Н. Курочкин, Н.В. Породенко, М.Г. Сергеева), Премией Европейской академии для молодых ученых 2002 г. (М.И. Юшко).

Историческая справка

Основные результаты за сорок лет работы отдела достигнуты в изучении физико-химических основ биокатализа, специфичности, стереоспецифичности и хемоселективности ферментативных реакций, создании методов стабилизации и превращения ферментов в технологичные катализаторы, разработке научных основ инженерной энзимологии, создании и внедрении в медицинскую промышленность первых в стране промышленных процессов на основе иммобилизованных ферментов, разработке научных основ конверсии энергии биокаталитическими системами, открытии явления биоэлектрокатализа (открытие № 311 «Свойство ферментов участвовать в переносе электронов - биоэлектрокатализ»), исследовании биосинтеза и регуляторной роли простагландинов и лейкотриенов в животных клетках. Результаты исследований, выполненных в отделе биокинетики, вошли в циклы работ, отмеченых Ленинской премией в 1982 г. (И.В. Березин, К. Мартинек), двумя Государственными премиями СССР в 1984 г. (С.Д. Варфоломеев, А.А. Клесов и В.К. Швядас), а также рядом премий для молодых ученых. Создана всемирно известная научная школа, воспитанники которой успешно продолжают фундаментальные и прикладные исследования в как в России (С.Д. Варфоломеев, В.К. Швядас, Г.Ф. Судьина, А.Т. Варфоломеева, П.В. Вржещ, М.Г. Сергеева, Н.Ф. Казанская, А.В. Левашов, Н.И. Ларионова, С.О. Бачурин, А.П. Синицын, С.В. Калюжный, И.Н. Курочкин, А.В. Максименко, А.А. Карякин, С.С.Кормер, Д.А.Мироненко, Э.А.Колованов и др.), так и за рубежом: США (А.М. Клибанов, А.А. Клесов, А.Л. Марголин, А.М. Блинковский, М.Ю. Гололобов, О.Л. Барский, О.К. Мирзоева, В.В. Верхуша, М.М.Вешторт, М.В.Виноградова, А.В.Чельцов), Мексике (А.К. Яцимирский, А.Д. Варфоломеева), Швеции (С.В. Зайцев, И.Ю. Галаев, А.Е.Иванов), Канаде (А.В.Пшежецкий), ФРГ (В.Кошке), Литве (А.А.Пятраускас, Р.И.Диджяпетрис, Р.А.Паулюконис) и ряде других стран. Одной из отличительных характеристик отдела биокинетики является систематическая активная работа со студентами и аспирантами, его популярность среди молодежи. За последние годы в отделе выросли талантливые молодые ученые (М.И. Юшко, Д.Т. Гуранда, Г.Г. Чилов, Т.А. Щербакова, и др.), которые наряду с успешным проведением собственных исследований плодотворно работают с новым поколением студентов, интересующихся биокинетикой и биокатализом.

Международное сотрудничество

Отдел биокинетики ведет активное международное сотрудничество с Университетами Делфта и Гронингена (Нидерланды), Лундским университетом (Швеция), Королевским техническим университетом Стокгольма (Швеция), Университетом Отто-фон-Герике, г. Магдебург и Университетом г. Констанца (ФРГ), Мичиганским университетом (США), Институтом нефтехимии и биоорганической химии Украинской академии наук (Киев), а также с научными учреждениями России: кафедрой химической энзимологии химического факультета МГУ, факультетом биоинженерии и биоинформатики МГУ, НИВЦ МГУ, Институтом генетики и селекции промышленных микроорганизмов (Москва), Институтом элементоорганических соединений РАН (Москва), Институтом физиологически активных веществ РАН (Черноголовка).

Грантовая поддержка

Исследования поддержаны рядом грантов РФФИ, в т.ч. РФФИ-ГФЕН, Федеральной целевой научно-технической программой "Новейшие методы биоинженерии", Федеральной целевой программой "Интеграция науки и высшего образования", Междисциплинарным проектом МГУ, программами "Университеты России", INTAS.

Подразделения отдела

Статьи

  • Sud’ina Galina F.(2025) Neutrophils, Fast and Strong 2.0: Heterogeneity of Neutrophil Parameters in Health and in Disease. BIOMEDICINES, >>
  • Overton Elliot, Emelyanova Alina, Bunik Victoria I.(2025) Thiamine, gastrointestinal beriberi and acetylcholine signaling. FRONTIERS IN NUTRITION, >>
  • Kopylov Kirill, Kirilin Evgeny, Voevodin Vladimir, Švedas Vytas(2025) Characterization of conformational flexibility in protein structures by applying artificial intelligence to molecular modeling. Journal of Structural Biology, >>
  • Aleshina Yulia A., Zavileyskiy Lev G., Aleshin Vasily A.(2025) Neanderthal and Denisovan Glutamate Dehydrogenase 2 Evolution and Clinical Significance. International Journal of Molecular Sciences, >>
  • Трефилов В.С., Линдин Е.Ю., Монахова М.В., Кисиль О.В., Вирясов М.Б., Орецкая Т.С., Кубарева Е.А.(2025) Инструментальные подходы к обнаружению и количественному определению сурфактина. Биоорганическая химия, >>
  • Trefilov V.S., Lindin E.Yu, Monakhova M.V., Kisil O.V., Viryasov M.B., Oretskaya T.S., Kubareva E.A.(2025) Instrumental Approaches to the Detection and Quantification of Surfactin. Russian Journal of Bioorganic Chemistry, >>
  • Тищенко Виктория Константиновна, Вирясов Михаил Борисович, Рыжикова Тамара Павловна, Степченкова Екатерина Дмитриевна, Остроухов Александр Антонович, Щербакова Анастасия Николаевна, Дороватовский Станислав Анатольевич, Власова Оксана Петровна, Иванов Серг(2025) Лабораторный синтез металлокомплексов радионуклида актиния-225 с пептидными молекулами — аналогами соматостатина для радионуклидной терапии нейроэндокринных опухолей. Химико-фармацевтический журнал, >>
  • Nilov Dmitry K., Gushchina Irina V., Shcherbakova Tatyana A., Baldin Simon M., Švedas Vytas K.(2025) Inhibitors of transketolase from Mycobacterium tuberculosis targeted towards both the diphosphate binding site and an adjacent hydrophobic subsite. Biochemistry (Moscow), >>
  • Нилов Д.К., Гущина И.В., Щербакова Т.А., Балдин С.М., Швядас В.К.(2025) Ингибиторы транскетолазы Mycobacterium tuberculosis, нацеленные на сайт связывания дифосфата и близлежащий гидрофобный участок. Биохимия, >>
  • Drozhdev Alexey I., Gorbatenko Vladislav O., Goriainov Sergey V., Chistyakov Dmitry V., Sergeeva Marina G.(2025) ATP Alters the Oxylipin Profiles in Astrocytes: Modulation by High Glucose and Metformin. BRAIN SCIENCES, >>
  • Chistyakov Dmitry V., Belousov Anatolii S., Shevelyova Marina P., Iomdina Elena N., Baksheeva Viktoriia E., Shebardina Natalia G., Moysenovich Anastasia M., Bulgakov Timofey K., Petrov Sergey Yu, Shishkin Mikhail L., Tulush Sanchay S., Tiulina Veronika V.(2025) A role of pigment epithelium-derived factor in zinc-mediated mechanism of neurodegeneration in glaucoma. Communications Biology, >>
  • Galkina Svetlana I., Fedorova Natalia V., Golenkina Ekaterina A., Ksenofontov Alexander L., Serebryakova Marina V., Kordyukova Larisa V., Stadnichuk Vladimir I., Baratova Ludmila A., Sud’ina Galina F.(2024) Differential effects of angiotensin II and aldosterone on human neutrophil adhesion and concomitant secretion of proteins, free amino acids and reactive oxygen and nitrogen species. International Immunopharmacology, >>
  • Golenkina Ekaterina A., Viryasova Galina M., Galkina Svetlana I., Iakushkina Iuliia V., Gaponova Tatjana V., Romanova Yulia M., Sud’ina Galina F.(2024) ATP and Formyl Peptides Facilitate Chemoattractant Leukotriene-B4 Synthesis and Drive Calcium Fluxes, Which May Contribute to Neutrophil Swarming at Sites of Cell Damage and Pathogens Invasion. BIOMEDICINES, >>
  • Golenkina Ekaterina A., Viryasova Galina M., Galkina Svetlana I., Kondratenko Natalia D., Gaponova Tatjana V., Romanova Yulia M., Lyamzaev Konstantin G., Chernyak Boris V., Sud’ina Galina F.(2024) Redox processes are major regulators of leukotriene synthesis in neutrophils exposed to bacteria Salmonella typhimurium; the way to manipulate neutrophil swarming. Frontiers in immunology, >>
  • Aleshin Vasily A., Kaehne Thilo, Maslova Maria V., Graf Anastasia V., Bunik Victoria I.(2024) Posttranslational Acylations of the Rat Brain Transketolase Discriminate the Enzyme Responses to Inhibitors of ThDP-Dependent Enzymes or Thiamine Transport. International Journal of Molecular Sciences, >>
  • Граф А.В., Артюхов А.В., Соловьева О.Н., Ксенофонтов А.Л., Буник В.И.(2024) Совместное введение крысам метформина и ампролиума влияет на метаболизм свободных аминокислот в мозге, изменяя поведение и частоту сердечных сокращений. Биохимия, >>
  • Graf Anastasia V., Artiukhov Artem V., Solovjeva Olga N., Ksenofontov Alexander L., Bunik Victoria I.(2024) Combined Administration of Metformin and Amprolium to Rats Affects Metabolism of Free Amino Acids in the Brain, Altering Behavior, and Heart Rate. Biochemistry (Moscow), >>
  • Артюхов А.В., Соловьева О.Н., Балашова Н.В., Сидорова О.П., Граф А.В., Буник В.И.(2024) Фармакологические дозы тиамина улучшают состояние пациентов с невропатией Шарко-Мари-Тута, изменяя уровень тиаминдифосфата и регуляцию зависимых от него ферментов. Биохимия, >>
  • Artiukhov Artem V., Solovjeva Olga N., Balashova Natalia V., Sidorova Olga P., Graf Anastasia V., Bunik Victoria I.(2024) Pharmacological Doses of Thiamine Benefit Patients with the Charcot–Marie–Tooth Neuropathy by Changing Thiamine Diphosphate Levels and Affecting Regulation of Thiamine-Dependent Enzymes. Biochemistry (Moscow), >>
  • Bunik VI(2024) Supramolecular Protein Assemblies: Building Blocks, Organism- or Cell-Specific Varieties, and Significance. Biomolecules, >>
  • Bunik V.I.(2024) A challenging interplay between basic research, technologies and medical education to provide therapies based on disease mechanisms. Frontiers in Medicine, >>
  • Pushkarev S.V., Kirilin E.M., Švedas V.K., Nilov D.K.(2024) Mechanism of PARP1 elongation reaction revealed by molecular modeling. Biochemistry (Moscow), >>
  • Sykilinda N.N., Lukyanova A.A., Lavrikova V.V., Kutnik I.V., Panin N.V., Staritsyn N.A., Miroshnikov K.A.(2024) The Effect of Space Flight Factors on the Interaction of Escherichia coli with Bacteriophage T7. Applied Biochemistry and Microbiology, >>
  • Aleshina Yulia A., Aleshin Vasily A.(2024) Evolutionary Changes in Primate Glutamate Dehydrogenases 1 and 2 Influence the Protein Regulation by Ligands, Targeting and Posttranslational Modifications. International Journal of Molecular Sciences, >>
  • Лобанова Ангелина Андреевна, Коровина Анна Николаевна, Кошкина Дарья Олеговна, Черникова Полина Андреевна, Феофанов Алексей Валерьевич, Студитский Василий Михайлович, Нилов Дмитрий Константинович, Малюченко Наталия Валериевна(2024) Гель-электрофорез как метод классификации ингибиторов поли(АДФ-рибоза)-полимераз 1 и 2. Вестник Московского университета. Серия 16: Биология, >>
  • Shram S.I., Shcherbakova T.A., Abramova T.V., Smirnovskaya M.S., Balandina A.I., Kulikov A.V., Švedas V.K., Silnikov V.N., Myasoedov N.F., Nilov D.K.(2024) A new approach for studying poly(ADP-ribose) rolymerase inhibitors using permeabilized adherent cells. Biochemistry (Moscow), >>
  • Pervushin N.V., Nilov D.K., Pushkarev S.V., Shipunova V.O., Badlaeva A.S., Yapryntseva M.A., Kopytova D.V., Zhivotovsky B., Kopeina G.S.(2024) BH3‑mimetics or DNA‑damaging agents in combination with RG7388 overcome p53 mutation‑induced resistance to MDM2 inhibition. Apoptosis, >>
  • Kirsanov K.I., Fetisov T.I., Antoshina E.E., Gor’kova T.G., Trukhanova L.S., Shram S.I., Nagaev I.Yu, Zolotarev Yu A., Abo Qoura L., Pokrovsky V.S., Yakubovskaya M.G., Švedas V.K., Nilov D.K.(2024) 7-Methylguanine inhibits colon cancer growth in vivo. Acta Naturae (англоязычная версия), >>
  • Кирсанов К.И., Фетисов Т.И., Антошина Е.Е., Горькова Т.Г., Труханова Л.С., Шрам С.И., Нагаев И.Ю., Золотарев Ю.А., Або Кура Л., Покровский В.С., Якубовская М.Г., Швядас В.К., Нилов Д.К.(2024) 7-Метилгуанин подавляет рост аденокарциномы толстой кишки in vivo. Acta Naturae (русскоязычная версия), >>
  • Lobanova A.A., Korovina A.N., Koshkina D.O., Chernikova P.A., Feofanov A.V., Studitsky V.M., Nilov D.K., Maluchenko N.V.(2024) Gel Electrophoresis As a Method for Classifying Inhibitors of Poly(ADP-ribose) Polymerases 1 and 2. Moscow University biological sciences bulletin, >>
  • Шрам С.И., Щербакова Т.А., Абрамова Т.В., Смирновская М.С., Баландина А.И., Куликов А.В., Швядас В.К., Сильников В.Н., Мясоедов Н.Ф., Нилов Д.К.(2024) Новый подход для исследования ингибиторов поли(ADP-рибоза)-полимеразы, основанный на использовании пермеабилизованных адгезированных клеток. Биохимия, >>
  • Zharikova Anastasia A., Andrianova Nadezda V., Silachev Denis N., Nebogatikov Vladimir O., Pevzner Irina B., Makievskaya Ciara I., Zorova Ljubava D., Maleev Grigoriy V., Baydakova Galina V., Chistyakov Dmitry V., Goriainov Sergey V., Sergeeva Marina G., B(2024) Analysis of the brain transcriptome, microbiome and metabolome in ketogenic diet and experimental stroke. Brain, Behavior, and Immunity, >>
  • Gorbatenko Vladislav O., Goriainov Sergey V., Babenko Valentina A., Plotnikov Egor Y., Chistyakov Dmitry V., Sergeeva Marina G.(2024) TLR3-mediated Astrocyte Responses in High and Normal Glucose Adaptation Differently Regulated by Metformin. Cell Biochemistry and Biophysics, >>
  • Chistyakov Dmitry V., Tiulina Veronika V., Gancharova Olga S., Baksheeva Viktoriia E., Goriainov Sergei V., Shebardina Natalia G., Ivlev Vasily A., Komarov Sergey V., Shevelyova Marina P., Tikhomirova Natalia K., Philippov Pavel P., Vasil’ev Vasiliy G., S(2024) Targeting Oxidative Stress and Inflammation in the Eye: Insights from a New Model of Experimental Autoimmune Uveitis. International Journal of Molecular Sciences, >>
  • Сергеева М.Г.(2024) Использование информационных технологий при формировании образовательного пространства биологического отделения СУНЦ МГУ. Исследователь/Researcher, >>
  • Varfolomeev S.D., Švedas V., Efremenko E.N., Egorov A.M., Khrenova M.G., Tishkov V.I., Atroshenko D.L., Pometun A.A., Savin S.S., Ugarova N.N., Lomakina G.Yu, Gachok I.V., Lyagin I.V., Muronetz V.I., Sinitsyn A.P., Sinitsyna O.A., Rojhkova A.M., Makhaeva (2024) Biocatalysis: modern challenges and applications. Russian Chemical Reviews, >>
  • Варфоломеев С.Д., Швядас В.К., Ефременко Е.Н., Егоров А.М., Хренова М.Г., Тишков В.И., Атрошенко Д.Л., Пометун А.А., Савин С.С., Угарова Н.Н., Ломакина Г.Ю., Гачок И.В., Лягин И.В., Муронец В.И., Синицын А.П., Синицына О.А., Рожкова А.М., Махаева Г.Ф., Ба(2024) Биокатализ: современные проблемы и приложения. Успехи химии, >>
  • Chistyakov Dmitry V., Azbukina Nadezhda V., Lopachev Alexander V., Goriainov Sergei V., Astakhova Alina A., Ptitsyna Elena V., Klimenko Anna S., Poleshuk Vsevolod V., Kazanskaya Rogneda B., Fedorova Tatiana N., Sergeeva Marina G.(2023) Plasma oxylipin profiles reflect Parkinson's disease stage. Prostaglandins and Other Lipid Mediators, >>
  • Panin N.V., Guranda D.T., Shapovalova I.V., Švedas V.K.(2023) Penicillin Acylase: A Retrospective Study of the Kinetics and Thermodynamics of Practically Significant Reactions. Moscow University Chemistry Bulletin, >>
  • Панин Н.В., Гуранда Д.Ф., Шаповалова И.В., Швядас В.К.(2023) Пенициллинацилаза: ретроспектива изучения кинетики и термодинамики практически значимых реакций. Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, >>
  • Morozova I.A., Guranda D.T., Panin N.V., Švedas V.K.(2023) Specificity of Penicillin Acylases in Deprotection of N-Benzyloxycarbonyl Derivatives of Amino Acids. Acta Naturae (англоязычная версия), >>
  • Морозова И.А., Гуранда Д.Ф., Панин Н.В., Швядас В.К.(2023) Специфичность пенициллинацилаз в реакции снятия защитной группы в N-бензилоксикарбонильных производных аминокислот. Acta Naturae (русскоязычная версия), >>
  • Галкина С.И., Голенкина Е.А., Федорова Н.В., Ксенофонтов А.Л., Серебрякова М.В., Стадничук В.И., Баратова Л.А., Судьина Г.Ф.(2023) Действие дексаметазона на адгезию нейтрофилов человека и сопутствующую секрецию. Биохимия, >>
  • Galkina Svetlana I., Golenkina Ekaterina A., Fedorova Natalia V., Ksenofontov Alexander L., Serebryakova Marina V., Stadnichuk Vladimir I., Baratova Ludmila A., Sud’ina Galina F.(2023) Effect of Dexamethasone on Adhesion of Human Neutrophils and Concomitant Secretion. Biochemistry (Moscow), >>
  • Golenkina Ekaterina A., Galkina Svetlana I., Viryasova Galina M., Sud’ina Galina F.(2023) The Pro-Oxidant Effect of Class A CpG ODNs on Human Neutrophils Includes Both Non-Specific Stimulation of ROS Production and Structurally Determined Induction of NO Synthesis. Oxygen, >>
  • Vorobjeva NV, Chelombitko MA, Sud’ina GF, Zinovkin RA, Chernyak BV(2023) Role of mitochondria in the regulation of effector functions of granulocytes. Cells, >>
  • Aleshin Vasily A., Graf Anastasia V., Artiukhov Artem V., Ksenofontov Alexander L., Zavileyskiy Lev G., Maslova Maria V., Bunik Victoria I.(2023) Pentylenetetrazole-Induced Seizures Are Increased after Kindling, Exhibiting Vitamin-Responsive Correlations to the Post-Seizures Behavior, Amino Acids Metabolism and Key Metabolic Regulators in the Rat Brain. International Journal of Molecular Sciences, >>
  • Алешин В.А., Буник В.И.(2023) Белок-белковые интерфейсы как мишени лекарств: общий для пиридоксаль-5′-фосфат-зависимых ферментов мотив для получения кофермента от его продуцентов. Биохимия, >>
  • Aleshin Vasily A., Bunik Victoria I.(2023) Protein–Protein Interfaces as Druggable Targets: A Common Motif of the Pyridoxal-5′-Phosphate-Dependent Enzymes to Receive the Coenzyme from Its Producers. Biochemistry (Moscow), >>
  • Алешин В.А., Сибирякина Д.A., Казанцев А.В., Граф А.В., Буник В.И.(2023) Ацилирование белков мозга крысы изменяется при специфическом ингибировании пируватдегидрогеназы in vivo. Биохимия, >>
  • Aleshin Vasily A., Sibiryakina Daria A., Kazantsev Alexey V., Graf Anastasia V., Bunik Victoria I.(2023) Acylation of the Rat Brain Proteins is Affected by the Inhibition of Pyruvate Dehydrogenase in vivo. Biochemistry (Moscow), >>
  • Bunik VI(2023) Editorial: Experts' opinion in medicine 2022. Frontiers in Medicine, >>
  • Bunik Victoria(2023) The Therapeutic Potential of Vitamins B1, B3 and B6 in Charcot–Marie–Tooth Disease with the Compromised Status of Vitamin-Dependent Processes. Biology, >>
  • Weidinger Adelheid, Milivojev Nadja, Hosmann Arthur, Duvigneau J.Catharina, Szabo Csaba, Törö Gabor, Rauter Laurin, Vaglio-Garro Annette, Mkrtchyan Garik V., Trofimova Lidia, Sharipov Rinat R., Surin Alexander M., Krasilnikova Irina A., Pinelis Vsevolod G(2023) Oxoglutarate dehydrogenase complex controls glutamate-mediated neuronal death. Redox Biology, >>
  • Kopylov Kirill, Kirilin Evgeny, Svedas Vytas(2023) Conformational transitions induced by NADH binding promote reduction half-reaction in 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase catalytic cycle. Biochemical and Biophysical Research Communications, >>
  • Gushchina I.V., Nilov D.K., Shcherbakova T.A., Baldin S.M., Svedas V.K.(2023) Search for inhibitors of Mycobacterium tuberculosis transketolase in a series of sulfo-substituted compounds. Acta Naturae (англоязычная версия), >>
  • Гущина И.В., Нилов Д.К., Щербакова Т.А., Балдин С.М., Швядас В.К.(2023) Поиск ингибиторов транскетолазы из Mycobacterium tuberculosis в ряду сульфозамещенных соединений. Acta Naturae (русскоязычная версия), >>
  • Shram S.I., Shcherbakova T.A., Abramova T.V., Baradieva E.C., Efremova A.S., Smirnovskaya M.S., Silnikov V.N., Svedas V.K., Nilov D.K.(2023) Natural guanine derivatives exert PARP-inhibitory and cytoprotective effects in a model of cardiomyocyte damage under oxidative stress. Biochemistry (Moscow), >>
  • Шрам С.И., Щербакова Т.А., Абрамова Т.В., Барадиева Э.Ц., Ефремова А.С., Смирновская М.С., Сильников В.Н., Швядас В.К., Нилов Д.К.(2023) Природные производные гуанина оказывают PARP-ингибиторное и цитопротекторное действие на модели повреждения кардиомиоцитов при окислительном стрессе. Биохимия, >>
  • JT Brenna, Sergeeva MG, Pestov NB, Korneenko TV, Shchepinov MS(2023) Arachidonic Acid: Reconciling the Dichotomy of its Oxidative Cascade through Specific Deuteration. Free Radical Research, >>
  • Сергеева М.Г.(2023) Формирование способностей к проектированию, исследованию, стратегированию старшеклассников в условиях цифровизации образовательного пространства (на примере СУНЦ МГУ. Исследователь/Researcher, >>
  • Чистяков Д.В., Коваленко Л.В., Донников М.Ю., Сергеева М.Г.(2023) Профили оксилипинов в крови как маркеры патогенеза онкологических заболеваний. Биохимия, >>
  • Chistyakov Dmitry V., Kovalenko Ludmila V., Donnikov Maxim Y., Sergeeva Marina G.(2023) Blood Oxylipin Profiles as Markers of Oncological Diseases. Biochemistry (Moscow), >>
  • Baksheeva Viktoriia E., Tiulina Veronika V., Iomdina Elena N., Petrov Sergey Yu, Filippova Olga M., Kushnarevich Nina Yu, Suleiman Elena A., Eyraud Rémi, Devred François, Serebryakova Marina V., Shebardina Natalia G., Chistyakov Dmitry V., Senin Ivan I., (2023) Tear nanoDSF Denaturation Profile Is Predictive of Glaucoma. International Journal of Molecular Sciences, >>
  • Nikulin Maksim V., Drobot Viktor V., Shurubor Yevgeniya I., Švedas Vytas K., Krasnikov Boris F.(2023) Preparative Biocatalytic Synthesis of α-Ketomethylselenobutyrate—A Putative Agent for Cancer Therapy. Molecules, >>
  • Chistyakov Dmitry V., Guryleva Mariia V., Stepanova Elena S., Makarenkova Lyubov M., Ptitsyna Elena V., Goriainov Sergei V., Nikolskaya Arina I., Astakhova Alina A., Klimenko Anna S., Bezborodova Olga A., Rasskazova Elena A., Potanina Olga G., Abramovich (2022) Multi-Omics Approach Points to the Importance of Oxylipins Metabolism in Early-Stage Breast Cancer. Cancers, >>
  • Дубовик Н.С., Гуранда Д.Ф., Раменская Г.В., Товбин Г.В., Тарасов Д.Н., Савченко А.Ю., Арнаутов В.С.(2022) Разработка и валидация методики определения инновационного препарата DD217 - ингибитора фактора Ха в плазме крови крыс целью проведения фармакокинетического исследования. Разработка и регистрация лекарственных средств, >>
  • Никулин М.В., Гуранда Д.Ф., Швядас В.К.(2022) Эффективный синтез N-ацилированных производных сложных эфиров аминокислот в водной среде при помощи пенициллинацилаз. Acta Naturae (русскоязычная версия), >>
  • Galkina Svetlana I., Fedorova Natalia V., Ksenofontov Alexander L., Golenkina Ekaterina A., Serebryakova Marina V., Stadnichuk Vladimir I., Baratova Ludmila A., Sud’ina Galina F.(2022) Inhibitor of Hyaluronic Acid Synthesis 4-Methylumbelliferone Suppresses the Secretory Processes That Ensure the Invasion of Neutrophils into Tissues and Induce Inflammation. BIOMEDICINES, >>
  • Galkina Svetlana I., Golenkina Ekaterina A., Serebryakova Marina V., Fedorova Natalia V., Ksenofontov Alexander L., Stadnichuk Vladimir I., Sud’ina Galina F.(2022) Ivermectin Affects Neutrophil-Induced Inflammation through Inhibition of Hydroxylysine but Stimulation of Cathepsin G and Phenylalanine Secretion. BIOMEDICINES, >>
  • Sud’ina Galina F., Golenkina Ekaterina A., Prikhodko Anastasia S., Kondratenko Natalia D., Gaponova Tatjana V., Chernyak Boris(2022) Mitochondria-Targeted Antioxidant SkQ1 inhibits Leukotriene Synthesis in Human Neutrophils. Frontiers in pharmacology, >>
  • Sokolov Alexey V., Chernyak Boris V., Zinovkin Roman A., Hwang Tsong-Long, Sud’ina Galina F.(2022) Editorial: Pharmacological Approaches Targeting Neutrophilic Inflammation: Volume II. Frontiers in pharmacology, >>
  • Sud’ina Galina F.(2022) Neutrophils, Fast and Strong. BIOMEDICINES, >>
  • Artiukhov Artem V., Aleshin Vasily A., Karlina Irina S., Kazantsev Alexey V., Sibiryakina Daria A., Ksenofontov Alexander L., Lukashev Nikolay V., Graf Anastasia V., Bunik Victoria I.(2022) Phosphonate Inhibitors of Pyruvate Dehydrogenase Perturb Homeostasis of Amino Acids and Protein Succinylation in the Brain. International Journal of Molecular Sciences, >>
  • Zavileyskiy Lev G., Aleshin Vasily A., Kaehne Thilo, Karlina Irina S., Artiukhov Artem V., Maslova Maria V., Graf Anastasia V., Bunik Victoria I.(2022) The Brain Protein Acylation System Responds to Seizures in the Rat Model of PTZ-Induced Epilepsy. International Journal of Molecular Sciences, >>
  • Aleshin Vasily A., Bunik Victoria I., Bruch Eduardo M., Bellinzoni Marco(2022) Structural Basis for the Binding of Allosteric Activators Leucine and ADP to Mammalian Glutamate Dehydrogenase. International Journal of Molecular Sciences, >>
  • Bunik Victoria I., Artiukhov Artem V., Kazantsev Alexey V., Aleshin Vasily A., Boyko Alexandra I., Ksenofontov Alexander L., Lukashev Nikolay V., Graf Anastasia V.(2022) Administration of Phosphonate Inhibitors of Dehydrogenases of 2-Oxoglutarate and 2-Oxoadipate to Rats Elicits Target-Specific Metabolic and Physiological Responses. Frontiers in Chemistry, >>
  • Boyko Alexandra I., Karlina Irina S., Zavileyskiy Lev G., Aleshin Vasily A., Artiukhov Artem V., Kaehne Thilo, Ksenofontov Alexander L., Ryabov Sergey I., Graf Anastasia V., Tramonti Angela, Bunik Victoria I.(2022) Delayed Impact of 2-Oxoadipate Dehydrogenase Inhibition on the Rat Brain Metabolism Is Linked to Protein Glutarylation. Frontiers in Medicine, >>
  • Graf Anastasia V., Maslova Maria V., Artiukhov Artem V., Ksenofontov Alexander L., Aleshin Vasily A., Bunik Victoria I.(2022) Acute Prenatal Hypoxia in Rats Affects Physiology and Brain Metabolism in the Offspring, Dependent on Sex and Gestational Age. International Journal of Molecular Sciences, >>
  • Artiukhov Artem V., Graf Anastasia V., Kazantsev Alexey V., Boyko Alexandra I., Aleshin Vasily A., Ksenofontov Alexander L., Bunik Victoria I.(2022) Increasing Inhibition of the Rat Brain 2-Oxoglutarate Dehydrogenase Decreases Glutathione Redox State, Elevating Anxiety and Perturbing Stress Adaptation. Pharmaceuticals, >>
  • Bunik Victoria, Aleshin Vasily, Nogues Isabel, Kähne Thilo, Parroni Alessia, Contestabile Roberto, Salvo Martino Luigi, Graf Anastasia, Tramonti Angela(2022) Thiamine-dependent regulation of mammalian brain pyridoxal kinase in vitro and in vivo. Journal of Neurochemistry, >>
  • Balashova Natalia V., Zavileyskiy Lev G., Artiukhov Artem V., Shaposhnikov Leonid A., Sidorova Olga P., Tishkov Vladimir I., Tramonti Angela, Pometun Anastasia A., Bunik Victoria I.(2022) Efficient Assay and Marker Significance of NAD+ in Human Blood. Frontiers in Medicine, >>
  • Ташлицкий В.Н., Артюхов А.В., Федорова Н.В., Суконников М.А., Ксенофонтов А.Л., Буник В.И., Баратова Л.А.(2022) Определение 2‑оксокислот в экстрактах мозга крыс с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии. Биохимия, >>
  • Tashlitsky Vadim N., Artiukhov Artem V., Fedorova Natalia V., Sukonnikov Maxim A., Ksenofontov Alexander L., Bunik Victoria I., Baratova Ludmila A.(2022) Analysis of Content of 2-Oxoacids in Rat Brain Extracts Using High-Performance Liquid Chromatography. Biochemistry (Moscow), >>
  • Pokrovsky Vadim S., Qoura Louay Abo, Morozova Elena, Bunik Victoria I.(2022) Predictive markers for efficiency of the amino-acid deprivation therapies in cancer. Frontiers in Medicine, >>
  • Bunik Victoria I., Habak Claudine(2022) Editorial: Women in science - translational medicine 2021. Frontiers in Medicine, >>
  • Zavileyskiy Lev, Bunik Victoria(2022) Regulation of p53 Function by Formation of Non-Nuclear Heterologous Protein Complexes. Biomolecules, >>
  • Scherbakov A.M., Fetisov T.I., Sorokin D.V., Zinovieva V.Yu, Moiseeva N.I., Laletina L.A., Kirilin E.M., Manikaylo A.E., Fomina L.Ya, Mekheda L.V., Bokhyan B.Yu, Lesovaya E.A., Trukhanova L.S., Gor’kova T.G., Antoshina E.E., Morozova O.V., Kirsanov K.I., (2022) Hypoxia-related proteins VEGF A and CA IX and resistance of soft tissue sarcoma cells to chemotherapy: ex vivo pilot study. Advances in Molecular Oncology, >>
  • Kirilin Evgeny M., Bochkova Anna A., Panin Nikolay V., Pochinok Igor V., Švedas Vytas(2022) Molecular Modeling of Penicillin Acylase Binding with a Penicillin Nucleus by High Performance Computing: Can Enzyme or its Mutants Possess β-lactamase Activity?. Supercomputing Frontiers and Innovations, >>
  • Щербаков А.М., Фетисов Т.И., Сорокин Д.В., Зиновьева В.Ю., Моисеева Н.И., Лалетина Л.А., Кирилин Е.М., Маникайло А.Е., Фомина Л.Я., Мехеда Л.В., Бохян А.Ю., Лесовая Е.А., Труханова Л.С., Горькова Т.Г., Антошина Е.Е., Морозова О.В., Кирсанов К.И., Якубовск(2022) Гипоксические белки VEGF A и CA IX и резистентность клеток сарком мягких тканей к химиопрепаратам: пилотный опыт ex vivo анализа. Успехи молекулярной онкологии, >>
  • Kirilin Evgeny M., Fetisov Timur I., Moiseeva Natalia I., Lesovaya Ekaterina A., Laletina Lidia A., Makhmudova Leyla F., Manikaylo Angelika E., Fomina Liliya Y., Burov Denis A., Bokhyan Beniamin Yu, Zinovieva Victoria Y., Vilkova Alice S., Mekheda Larisa (2022) Soft Tissue Sarcoma Study: Association of Genetic Alterationsin the Apoptosis Pathways with Chemoresistance to Doxorubicin. Cancers, >>
  • Moiseeva Natalia I., Laletina Lidia A., Fetisov Timur I., Makhmudova Leyla F., Manikaylo Angelika E., Fomina Liliya Y., Burov Denis A., Lesovaya Ekaterina A., Bokhyan Beniamin Yu, Zinovieva Victoria Y., Vilkova Alice S., Mekheda Larisa V., Kozlov Nikolay (2022) Analysis of Multiple Drug Resistance Mechanism in Different Types of Soft Tissue Sarcomas: Assessment of the Expression of ABC-Transporters, MVP, YB-1, and Analysis of Their Correlation with Chemosensitivity of Cancer Cells. International Journal of Molecular Sciences, >>
  • Muntyan Maria S., Viryasov Mikhail B., Sorokin Dimitry Y., Skulachev Vladimir P.(2022) Sodium Energetic Cycle in the Natronophilic Bacterium Thioalkalivibrio versutus. International Journal of Molecular Sciences, >>
  • Shcherbakova T.A., Baldin S.M., Shumkov M.S., Gushchina I.V., Nilov D.K., Švedas V.K.(2022) Isolation and biochemical characterization of recombinant transketolase from Mycobacterium tuberculosis. Acta Naturae (англоязычная версия), >>
  • Щербакова Т.А., Балдин С.М., Шумков М.С., Гущина И.В., Нилов Д.К., Швядас В.К.(2022) Выделение и биохимическая характеристика рекомбинантной транскетолазы Mycobacterium tuberculosis. Acta Naturae (русскоязычная версия), >>
  • Popinako A.V., Pometun A.A., Nilov D.K., Dibrova D.V., Khrustalev V.V., Khrustaleva T.A., Iurchenko T.S., Nikolaeva A.Yu, Švedas V.K., Boyko K.M., Tishkov V.I., Popov V.O.(2022) The role of Tyr102 residue in the functioning of bacterial NAD+-dependent formate dehydrogenase of Pseudomonas sp. 101. Biochemical and Biophysical Research Communications, >>
  • Nilov D.K., Schmidtke M., Makarov V.A., Švedas V.K.(2022) Search for ligands complementary to the 430-cavity of influenza virus neuraminidase by virtual screening. Supercomputing Frontiers and Innovations, >>
  • Nilov D.K., Zamaraev A.V., Zhivotovsky B., Kopeina G.S.(2022) Exploring Caspase Mutations and Post-Translational Modification by Molecular Modeling Approaches. Jove-Journal of Visualized Experiments, >>
  • Kurgina T.A., Shram S.I., Kutuzov M.M., Abramova T.V., Shcherbakova T.A., Maltseva E.A., Poroikov V.V., Lavrik O.I., Švedas V.K., Nilov D.K.(2022) Inhibitory effects of 7-methylguanine and Its metabolite 8-hydroxy-7-methylguanine on human poly(ADP-ribose) polymerase 1. Biochemistry (Moscow), >>
  • Kirsanov K., Fetisov T., Antoshina E., Trukhanova L., Gor’kova T., Vlasova O., Khitrovo I., Lesovaya E., Kulbachevskaya N., Shcherbakova T., Belitsky G., Yakubovskaya M., Švedas V., Nilov D.(2022) Toxicological properties of 7-methylguanine, and preliminary data on its anticancer activity. Frontiers in pharmacology, >>
  • Кургина Т.А., Шрам С.И., Кутузов М.М., Абрамова Т.В., Щербакова Т.А., Мальцева Е.А., Поройков В.В., Лаврик О.И., Швядас В.К., Нилов Д.К.(2022) Ингибиторное действие 7-метилгуанина и его метаболита 8-гидрокси-7-метилгуанина на поли(ADP-рибозо)полимеразу 1 человека. Биохимия, >>
  • Пушкарев С.В., Винник В.A., Шаповалова И.В., Швядас В.К., Нилов Д.К.(2022) Моделирование структуры комплекса тРНК-гуанинтрансгликозилазы человека с 7-метилгуанином и выявление факторов, определяющих взаимодействие фермента с ингибиторами. Биохимия, >>
  • Pushkarev Sergey V., Vinnik Valeriia A., Shapovalova Irina V., Švedas Vytas K., Nilov Dmitry K.(2022) Modeling the Structure of Human tRNA-Guanine Transglycosylase in Complex with 7-Methylguanine and Revealing the Factors that Determine the Enzyme Interaction with Inhibitors. Biochemistry (Moscow), >>
  • Firsov Alexander M., Franco Marcia S.F., Chistyakov Dmitry V., Goriainov S.V., Sergeeva Marina G., Kotova Elena A., Fomich M.A., Bekish A.V., Sharko O.L., Shmanai V.V., Itri R., Baptista Mauricio S., Antonenko Yuri N., Shchepinov Mikhail S.(2022) Deuterated polyunsaturated fatty acids inhibit photoirradiation-induced lipid peroxidation in lipid bilayers. Journal of Photochemistry and Photobiology B: Biology, >>
  • Gorbatenko Vladislav O., Goriainov Sergey V., Babenko Valentina A., Plotnikov Egor Y., Sergeeva Marina G., Chistyakov Dmitry V.(2022) Anti-Inflammatory Properties of Metformin During Cultivation of Primary Rat Astrocytes in a Medium with High Glucose Concentration. Biochemistry (Moscow), >>
  • Горбатенко В.О., Горяинов С.В., Бабенко В.А., Плотников Е.Ю., Сергеева М.Г., Чистяков Д.В.(2022) Антивоспалительные свойства метформина в условиях культивации первичных астроцитов крысы в среде с повышенной концентрацией глюкозы. Биохимия, >>
  • Guryleva Mariia V., Penzar Dmitry D., Chistyakov Dmitry V., Mironov Andrey A., Favorov Alexander V., Sergeeva Marina G.(2022) Investigation of the Role of PUFA Metabolism in Breast Cancer Using a Rank-Based Random Forest Algorithm. Cancers, >>
  • Gureev Artem P., Andrianova Nadezda V., Pevzner Irina B., Zorova Ljubava D., Chernyshova Ekaterina V., Sadovnikova Irina S., Chistyakov Dmitry V., Popkov Vasily A., Semenovich Dmitry S., Babenko Valentina A., Silachev Denis N., Zorov Dmitry B., Plotnikov (2022) Dietary restriction modulates mitochondrial DNA damage and oxylipins profile in aged rats. FEBS Journal, >>
  • Baldin S.M., Shegolev V.O., Svedas V.K.(2022) Computational Alchemy Using Accelerated GPU Calculations: Fine Structural Tuning Inhibitors of L,D-transpeptidase 2 from Mycobacterium tuberculosis. Supercomputing Frontiers and Innovations, >>
  • Guryleva Mariia V., Chistyakov Dmitry V., Lopachev Alexander V., Goriainov Sergei V., Astakhova Alina A., Timoshina Yulia A., Khutorova Anastasiya V., Fedorova Tatiana N., Sergeeva Marina G.(2021) Modulation of the Primary Astrocyte-Enriched Cultures’ Oxylipin Profiles Reduces Neurotoxicity. Metabolites, >>
  • Chistyakov Dmitry V., Goriainov Sergei V., Astakhova Alina A., Sergeeva Marina G.(2021) High Glucose Shifts the Oxylipin Profiles in the Astrocytes towards Pro-Inflammatory States. Metabolites, >>
  • Galkina Svetlana I., Golenkina Ekaterina A., Fedorova Natalia V., Ksenofontov Alexander L., Serebryakova Marina V., Arifulin Evgenii A., Stadnichuk Vladimir I., Baratova Ludmila A., Sud’ina Galina F.(2021) Inhibition of Neutrophil Secretion Upon Adhesion as a Basis for the Anti-Inflammatory Effect of the Tricyclic Antidepressant Imipramine. Frontiers in pharmacology, >>
  • Golenkina Ekaterina A., Galkina Svetlana I., Dolinnaya Nina G., Arifulin Evgenii A., Romanova Yulia M., Sud’ina Galina F.(2021) Synthetic Hexanucleotides as a Tool to Overcome Excessive Neutrophil Activation Caused by CpG-Containing Oligonucleotides. PATHOGENS, >>
  • Galkina Svetlana I., Fedorova Natalia V., Ksenofontov Alexander L., Serebryakova Marina V., Golenkina Ekaterina A., Stadnichuk Vladimir I., Baratova Ludmila A., Sud’ina Galina F.(2021) Neutrophil Adhesion and the Release of the Free Amino Acid Hydroxylysine. Cells, >>
  • Sud'ina Galina, Golenkina Ekaterina, Viryasova Galina, Galkina Svetlana, Bannikova Valeria, Romanova Yulia, Dolinnaya Nina(2021) Synthetic Oligodeoxynucleotides in the Regulation of Neutrophil Apoptosis. FASEB Journal, >>
  • Viryasova Galina M., Golenkina Ekaterina A., Hianik Tibor, Soshnikova Nataliya V., Dolinnaya Nina G., Gaponova Tatjana V., Romanova Yulia M., Sud’ina Galina F.(2021) Magic Peptide: Unique Properties of the LRR11 Peptide in the Activation of Leukotriene Synthesis in Human Neutrophils. International Journal of Molecular Sciences, >>
  • Golenkina Ekaterina A., Galkina Svetlana I., Pletjushkina Olga, Chernyak Boris, Gaponova Tatjana V., Romanova Yulia M., Sud’ina Galina F.(2021) Gram-Negative Bacteria Salmonella typhimurium Boost Leukotriene Synthesis Induced by Chemoattractant fMLP to Stimulate Neutrophil Swarming. Frontiers in pharmacology, >>
  • Chernyak Boris V., Sokolov Alexey V., Hwang Tsong-Long, Zinovkin Roman A., Sud’ina Galina F.(2021) Editorial: Pharmacological Approaches Targeting Neutrophilic Inflammation. Frontiers in pharmacology, >>
  • Vorobjeva NV, Sud'ina GF, Chernyak BV(2021) Mitochondria are potential targets for the development of new drugs against neutrophilic inflammation in severe pneumonia including COVID-19. Frontiers in pharmacology, >>
  • Artiukhov Artem V., Kolesanova Ekaterina F., Boyko Aleksandra I., Chashnikova Anastasiya A., Gnedoy Sergei N., Kaehne Thilo, Ivanova Daria A., Kolesnichenko Alyona V., Aleshin Vasily A., Bunik Victoria I.(2021) Preparation of Affinity Purified Antibodies against ε-Glutaryl-Lysine Residues in Proteins for Investigation of Glutarylated Proteins in Animal Tissues. Biomolecules, >>
  • Aleshin Vasily A., Graf Anastasia V., Artiukhov Artem V., Boyko Alexandra I., Ksenofontov Alexander L., Maslova Maria V., Nogués Isabel, di Salvo Martino L., Bunik Victoria I.(2021) Physiological and Biochemical Markers of the Sex-Specific Sensitivity to Epileptogenic Factors, Delayed Consequences of Seizures and Their Response to Vitamins B1 and B6 in a Rat Model. Pharmaceuticals, >>
  • Aleshin Vasily A., Artiukhov Artem V., Kaehne Thilo, Graf Anastasia V., Bunik Victoria I.(2021) Daytime Dependence of the Activity of the Rat Brain Pyruvate Dehydrogenase Corresponds to the Mitochondrial Sirtuin 3 Level and Acetylation of Brain Proteins, All Regulated by Thiamine Administration Decreasing Phosphorylation of PDHA Ser293. International Journal of Molecular Sciences, >>
  • Aleshin VA, Zhou X., Krishnan S., Karlsson A., Bunik VI(2021) Interplay Between Thiamine and p53/p21 Axes Affects Antiproliferative Action of Cisplatin in Lung Adenocarcinoma Cells by Changing metabolism of 2-oxoglutarate/glutamate. Frontiers in genetics, >>
  • Boyko A., Tsepkova P., Aleshin V., Artiukhov A., Mkrtchyan G., Ksenofontov A., Baratova L., Ryabov S., Graf A., Bunik V.(2021) Severe Spinal Cord Injury in Rats Induces Chronic Changes in the Spinal Cord and Cerebral Cortex Metabolism, Adjusted by Thiamine That Improves Locomotor Performance. Frontiers in Molecular Neuroscience, >>
  • Artiukhov Artem V., Kazantsev Alexey V., Lukashev Nikolay V., Bellinzoni Marco, Bunik Victoria I.(2021) Selective Inhibition of 2-Oxoglutarate and 2-Oxoadipate Dehydrogenases by the Phosphonate Analogs of Their 2-Oxo Acid Substrates. Frontiers in Chemistry, >>
  • Graf A., Ksenofontov A., Bunik V.(2021) Inhibition of 2-OxoglutarateDehydrogenase as a Chemical Model of Acute Hypobaric Hypoxia. Frontiers in Medicine, >>
  • Barile Anna, Mills Philippa, di Salvo Martino L., Graziani Claudio, Bunik Victoria, Clayton Peter, Contestabile Roberto, Tramonti Angela(2021) Characterization of Novel Pathogenic Variants Causing Pyridox(am)ine 5$\prime$-Phosphate Oxidase-Dependent Epilepsy. International Journal of Molecular Sciences, >>
  • Drobot V.V., Kirilin E.M., Kopylov K.E., Pochinok I.V., Švedas V.K.(2021) PLUMED plugin integration into high performance pmemd program for enhanced molecular dynamics simulations. Supercomputing Frontiers and Innovations, >>
  • Manasaryan G., Suplatov D., Pushkarev S., Drobot V., Kuimov A., Švedas V., Nilov D.(2021) Bioinformatic analysis of the nicotinamide binding site in poly(ADP-ribose) polymerase family proteins. Cancers, >>
  • Evteev S., Nilov D., Polenova A., Švedas V.(2021) Bifunctional inhibitors of influenza virus neuraminidase: molecular design of a sulfonamide linker. International Journal of Molecular Sciences, >>
  • Maluchenko Natalya V., Nilov Dmitry K., Pushkarev Sergey V., Kotova Elena Y., Gerasimova Nadezhda S., Kirpichnikov Mikhail P., Langelier Marie-France, Pascal John M., Akhtar Md Sohail, Feofanov Alexey V., Studitsky Vasily M.(2021) Mechanisms of Nucleosome Reorganization by PARP1. International Journal of Molecular Sciences, >>
  • Kovaleva K., Yarovaya O., Ponomarev K., Cheresiz S., Azimirad A., Chernyshova I., Zakharenko A., Konev V., Khlebnikova T., Mozhaytsev E., Suslov E., Nilov D., Švedas V., Pokrovsky A., Lavrik O., Salakhutdinov N.(2021) Design, synthesis, and molecular docking study of new tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 (TDP1) inhibitors combining resin acids and adamantane moieties. Pharmaceuticals, >>
  • Azbukina Nadezhda V., Chistyakov Dmitry V., Goriainov Sergei V., Kotelin Vladislav I., Fedoseeva Elena V., Petrov Sergey Yu, Sergeeva Marina G., Iomdina Elena N., Zernii Evgeni Yu(2021) Targeted Lipidomic Analysis of Aqueous Humor Reveals Signaling Lipid-Mediated Pathways in Primary Open-Angle Glaucoma. Biology, >>
  • Gavrish Gleb E., Chistyakov Dmitry V., Sergeeva Marina G.(2021) ARGEOS: A New Bioinformatic Tool for Detailed Systematics Search in GEO and ArrayExpress. Biology, >>
  • Chistyakov D., Azbukina N., Ptizina E., Sergeeva M.(2021) Transcriptome profiling of polyunsaturated fatty acids cascades genes in neurodegenerative diseases. FEBS open bio, >>
  • Nikulin M., Drobot V., Svedas V., Krasnikov B.F.(2021) Preparative biocatalytic synthesis of α-ketoglutaramate. International Journal of Molecular Sciences, >>
  • Nikulin Maksim, Švedas Vytas(2021) Prospects of Using Biocatalysis for the Synthesis and Modification of Polymers. Molecules, >>
  • Shegay Maksim, Svedas Vytas, Voevodin Vladimir, Suplatov Dmitry, Popova Nina(2021) Guide Tree Optimization with Genetic Algorithm to Improve Multiple Protein 3D-structure Alignment. Bioinformatics, >>
  • Suplatov Dmitry, Shegay Maxim, Sharapova Yana, Timokhin Ivan, Popova Nina, Voevodin Vladimir, Švedas Vytas(2021) Co-designing HPC-systems by computing capabilities and management flexibility to accommodate bioinformatic workflows at different complexity levels. Journal of Supercomputing, >>
  • Timonina Daria, Sharapova Yana, Švedas Vytas, Suplatov Dmitry(2021) Bioinformatic analysis of subfamily-specific regions in 3D-structures of homologs to study functional diversity and conformational plasticity in protein superfamilies. Computational and Structural Biotechnology Journal, >>
  • Suplatov Dmitry, Sharapova Yana, Švedas Vytas(2021) Mustguseal and Sister Web-Methods: A Practical Guide to Bioinformatic Analysis of Protein Superfamilies. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), >>
  • Perevyazova T.A., Yunusova А.К., Artyukh R.I., Viryasov M.B., Kubareva E.A., Zheleznaya L.A.(2018) Restriction endonuclease BspD6II, a new thermophilic isoschizomer of Eco57I. Russian Journal of Bioorganic Chemistry, >>
  • Vorobjeva N., Prikhodko A., Galkin I., Pletjushkina O., Zinovkin R., Sud’ina G., Chernyak B., Pinegin B.(2017) Mitochondrial reactive oxygen species are involved in chemoattractant-induced oxidative burst and degranulation of human neutrophils in vitro. European Journal of Cell Biology, >>
  • Monakhova M., Ryazanova A., Hentschel A., Viryasov M., Oretskaya T., Friedhoff P., Kubareva E.(2015) Chromatographic isolation of the functionally active MutS protein covalently linked to deoxyribonucleic acid. Journal of Chromatography A, >>

Лаборатории

Сотрудники